La formation doctorale à Aix-Marseille Université (AMU) est organisée en 12 écoles doctorales (ED) fédérées au sein d’un Collège Doctoral (CD). Elle couvre une grande variété de disciplines scientifiques et un large spectre de domaines de recherche, et s’appuie sur un potentiel d’encadrants de plus de 2500 chercheurs et enseignants-chercheurs habilités à diriger des recherches (HDR). Elle rassemble (en 2016-2017) plus de 3300 doctorants en cours de thèse dans 137 unités de recherche au sein d’AMU, mais également hors AMU. La moitié des doctorants inscrits à AMU sont des femmes.
La formation doctorale à AMU, attire chaque année près de 800 nouveaux doctorants et délivre plus de 600 diplômes de doctorat par an dans 81 spécialités différentes. Ce grand potentiel de jeunes chercheurs en formation, participe grandement au développement de la recherche et de la production scientifique d’AMU, et renforcent ainsi sa réputation d’Université de recherche intensive.