Soutenance de thèse de AMADOU HAMIDOU TOGO

Malgré les progrès technologiques dans l'exploration du microbiote humain et les nombreuses études menées sur le microbiote du tube digestif, le microbiote du colostrum et du lait maternel demeure un microbiote négligé. Cependant, les résultats de quelques études ont montré une grande diversité de bactéries commensales qui constituent le microbiote de colostrum et de lait maternel qui pourrait coloniser l'intestin du nourrisson. Selon les auteurs de ces études, le colostrum et le lait maternel pourraient être impliqués dans la transmission verticale des phénotypes associés au microbiote intestinal maternel. Dans cette thèse, nous avons d'abord évalué la diversité bactérienne de 154 échantillons de colostrum et de lait maternel de 144 mères (France, 134 et Mali, 10) par culture à travers la microbial culturomics et par métagénomique ciblée à travers le séquençage du gene de L'ARN ribosomal 16S. Avec l'approche de la microbial culturomics, nous avons analysé 20 échantillons de colostrum et de lait (8 colostrum et 12 lait) et tous les échantillons ont été analysé par l’approche de métagénomique ciblée. Nous avons également cultivé 20 échantillons, dont 9 colostrum et 11 lait mature, pour l'isolement des archées méthanogènes qui jouent un rôle important dans la digestion de certains aliments. Dans la deuxième partie, nous avons procédé à la description taxonogénomique des nouvelles bactéries isolées à partir du colostrum, du lait maternel et des selles des patients obèses. Nous avons observé une grande diversité bactérienne du colostrum et du lait maternel grâce aux approches de la microbial culturomics et de métagénomique ciblé. Nous avons pu cultiver deux espèces d'archée méthanogènes: Methanobrevibacter smithii qui est présent dans le tube digestif de la plupart des êtres humain et Methanobrevibacter oralis qui colonise la cavité orale humaine. Nous avons ainsi augmenté le répertoire microbien associé au colostrum et au lait maternel humain en découvrant et en décrivant plusieurs nouvelles bactéries.

Despite technological advances in human microbiota exploration and numerous studies on digestive tract microbiota, colostrum and breast milk microbiota remain neglected microbiotes. However, the results of a few studies have shown a significant diversity of commensal bacteria that constitute the microbiota of colostrum and breast milk that could colonise infant gut. According to the authors of these studies, colostrum and breast milk could be involved in the vertical transmission of phenotypes associated to mother gut microbiota. In this thesis, we first evaluated the bacterial diversity of 154 colostrum and breast milk samples from 144 mothers (France, 134 and Mali, 10) using culture (culturomics) and targeted metagenomics (16S rRNA gene) approaches. With culturomics approach, we analysed 20 samples of colostrum and milk (8 colostrum and 12 milk) and all samples with targeted metagenomics. We also cultured 20 samples, including 9 colostrum and 11 mature milk, for the isolation of methanogenic archaea that play a key role in the digestion of certain foods. In the second part we proceeded to the taxonogenomic description of new bacteria isolated from colostrum, breast milk and stools of obese patients. We observed a high bacterial diversity of colostrum and breast milk through culturomics and metagenomics approaches. We have been able to cultivate two species of methanogenic archaea; Methanobrevibacter smithii which is present in the digestive tract of most people and Methanobrevibacter oralis which colonizes the human oral cavity. We have thus increased the microbial repertoire associated with colostrum and human breast milk by discovering and describing several new bacteria.