Soutenance de thèse de Iman DANDACHI

De nos jours, l'épidémiologie des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques a évolué et ne se limite plus aux milieux hospitaliers. En effet, les animaux dont ceux utilisés dans la production alimentaire sont désormais considérés comme de puissants réservoirs d'organismes multi-résistants : les producteurs de bêta-lactamases et des bacilles à Gram négatif résistants à la colistine. L'émergence de ces bactéries multi-résistantes chez les animaux est due principalement à l’utilisation excessive d’antibiotiques en tant que prophylaxie et facteurs de croissance. De plus, certains antibiotiques utilisés chez les animaux le sont également chez les humains tels que la colistine. Le transfert d’organismes multi-résistants aux antibiotiques provenant d’animaux vers les humains est un problème majeur pouvant entrainer de graves infections. La transmission zoonotique se fait principalement par contact direct / indirect mais aussi par voie environnementale. Au Liban, plusieurs études ont été menées dans les hôpitaux et ont montré une prévalence élevée de bactéries multi-résistantes tandis qu’elles sont rares dans le milieu vétérinaire. Le but de ce travail de thèse est de décrire l'épidémiologie des organismes multi-résistants dans les animaux d’élevage destinés à la consommation au Liban. Pour cela, nous avons tout d’abord déterminé en 1) la prévalence nationale des bactéries résistantes aux béta lactams chez les poulets au niveau du portage intestinal, en 2) la présence d’une relation entre les organismes multi-résistants chez les poulets et leur milieu environnant direct et en 3) la prévalence des organismes multi-résistants chez les porcs. Le typage des bactéries par MLST, le transfert de plasmides par conjugaison et le séquençage du génome entier ont été utilisés pour décrire la prévalence des organismes multi-résistants et les mécanismes de résistance chez les souches isolées de poulet, de porc, d'éleveur et d'environnement. Nous pouvons ainsi conclure que les élevages de poulets et de porcs sont de puissants réservoirs de gènes de résistance BLSE et mcr-1 au Liban. La dissémination de la résistance semble être poly-clonale et liée à la propagation de plasmides porteurs de gènes de résistance. Par conséquent, l'utilisation de la colistine en médecine vétérinaire au Liban doit être interdite.

Abstract Nowadays, the epidemiology of multi-drug resistance has changed and is no more confined to the hospital settings. Food producing animals are increasingly regarded as potent reservoirs of multi-drug resistant organisms i.e. beta lactamase producers and colistin resistant Gram-negative bacilli. The emergence of multi-drug resistance in animals is thought to be mainly driven by the overuse of antibiotics as growth promoters and prophylaxis. The dissemination of multi-drug resistant organisms in animals is sparked by the concern of being transferred to humans where they can be candidates for infections with limited therapeutic options. The zoonotic transmission of resistant organisms from animals to humans occurs mainly via direct/indirect contact but also via environmental routes. In Lebanon, several studies were conducted in hospitals and showed a high prevalence of multi-drug resistance; unlikely, these studies are scarce in animals. The aim of this thesis research was thus to describe the epidemiology of multi-drug resistant organisms in Lebanese Livestock via 1) Determination of the nationwide prevalence of multi-drug resistance in poultry in terms of intestinal carriage, 2) Determination if any link exists between the prevalence of multi-drug resistant organisms in chicken and the surrounding environment and 3) Determination of the prevalence of multi-resistant organisms in pigs. Multi-locus sequence typing, conjugation experiments and whole genome sequencing were used to describe the prevalence of multi-drug resistant organisms and the corresponding mechanisms of resistance in the isolated strains from chicken, pigs, farmers and environment. Chicken and swine farms showed to be potent reservoirs of ESBL and mcr-1 genes in Lebanon. The dissemination of multi-drug resistance appears to be multi-clonal and related to the spread of plasmid carrying resistance genes. Colistin use in veterinary medicine in Lebanon should be banned.