Soutenance de thèse de Nhiem LE VIET

La fièvre aiguë indifférenciée (FAI) est un état fébrile temporaire accompagné de manifestations non spécifiques. La maladie est fréquemment observée dans la pratique clinique mais son diagnostic est souvent un défi pour les cliniciens en raison de la diversité des étiologies potentielles, du tableau clinique non spécifique et de la disponibilité limitée des outils de diagnostic, en particulier dans les pays en développement. Les infections à rickettsies—causées par des bactéries de l'ordre des Rickettsiales, sont des maladies traitables mais sous-estimées, en particulier dans les pays tropicaux, pouvant être fatales. Le Vietnam fait partie du "triangle tsutsugamushi" où la FAI est observée quotidiennement, mais les données de recherche sur les infections à typhus des broussailles—causé par Orientia tsutsugamushi, et autres infections à rickettsies, ainsi que sur d'autres étiologies bactériennes et virales de la FAI sont rares. Ainsi, ce projet a été réalisé dans le but d'explorer les agents de rickettsies et autres étiologies de la FAI au Vietnam. Dans la première cohorte de 67 participants se concentrant sur les patients cliniquement suspectés de typhus des broussailles, nous avons utilisé la PCR quantitative (qPCR) pour détecter l’ADN de O. tsutsugamushi dans le sang total et les écouvillons d’escarres. Nous avons ensuite séquencé les échantillons positifs. L'immunofluorescence indirecte (IFA) a également été utilisé pour détecter les anticorps de O. tsutsugamushi et d'autres rickettsies. Au total, le diagnostic de typhus des broussailles a été confirmé pour 32 patients (47,8%) par qPCR ou IFA. Parmi les 20 patients pour lesquels des escarres et du sang total ont été obtenus, 17 (85%) des échantillons d'escarre et 5 (25%) des échantillons de sang total étaient positifs pour O. tsutsugamushi par qPCR. L'analyse génétique des séquences du gène TSA 56-kDa a démontré que les 14 séquences obtenues dans cette étude, dont 12 d’écouvillons escarres et 2 de sang total, étaient apparentées à 4 génotypes: Karp, Kawasaki, Gilliam (JG-v et TG-v) et TA716. La majorité (9/14; 64,4%) des génotypes contemporains de O. tsutsugamushi dans la province de Quang Nam étaient apparentés au génotype Karp. En outre, les résultats de l'IFA ont montré que 2 (3%) autres patients étaient probablement atteints de typhus murin—causé par Rickettsia typhi, bien que les tests de qPCR étaient négatifs pour cette rickettsie. Ensuite, une analyse prospective des étiologies de la FAI au Vietnam a été réalisée. Un total de 378 patients adultes fébriles (FAIs) avec une fièvre de ≤21 jours, aucune preuve d'infection localisée et des tests de dépistage négatifs pour la dengue et le paludisme et 384 patients adultes fébriles (Contrôles) ont été prospectivement recrutés. Du sang total, du plasma, des écouvillons, des prélèvements de gorge et des échantillons d'urine ont été prélevés et utilisés pour des analyses en laboratoire. La qPCR, la qRT-PCR et les tests sérologiques ont été utilisées pour tester 55 bactéries, virus et leurs sous-types. L'étiologie la plus courante était le virus de la grippe (20,9% dans les FAIs versus 0% dans les Contrôles), suivi des rickettsies (principalement O. tsutsugamushi et R. typhi) (11,11% dans les FAIs versus 0,26% dans les Contrôles), virus de la dengue (7,67% dans les FAIs versus 0,52% dans les contrôles), Leptospira (4,76% dans les FAIs versus 0,78% dans les Contrôles), adénovirus (4,76% dans les FAIs versus 1,04% Contrôles) et entérovirus (2,12% dans les FAIs versus 0% Contrôles) (p<0,05). Au total, 217 patients (57,4%) ont été diagnostiqués avec 144 cas de mono-infection (66,36%) et 73 co-infections (33,64%). Par conséquent, de telles données sur les rickettsies et autres étiologies obtenues au Vietnam pourraient être très utiles pour l’établissement d’une méthode d’approche pour les patients atteints de FAI dans les aspects de diagnostic, de gestion et de prévention au Vietnam et dans les régions tropicales dans l'avenir.

Acute undifferentiated fever (AUF) is a temporary febrile illness accompanied by non-specific manifestations. The illness is frequently observed in clinical practice but diagnosis of its causes is often a challenge for clinicians due to the diversity of potential causes, non-specific presentation and limited availability of diagnostic tools, particularly in developing countries. Rickettsial infections—caused by bacteria of the order Rickettsiales, are treatable but underestimated diseases, particularly in tropical countries and may be fatal. Vietnam is a part of the "tsutsugamushi triangle" and AUF is seen daily but research data on scrub typhus—caused by Orientia tsutsugamushi, and other rickettsial infections as well as other bacterial and viral etiologies of AUF are scarce. Thus, this project was performed with the aim to explore the rickettsial agents and other etiologies of AUF in Vietnam. In the first 67-participant cohort of patients who were clinically suspected of having scrub typhus, we used quantitative PCR (qPCR) to detect O. tsutsugamushi DNA in whole blood and eschar swab specimens, and then sequenced the positive samples. Immunofluorescence assay indirect (IFA) was also used to detect antibodies of O. tsutsugamushi and other rickettsial agents. A total of 32 (47.8%) patients were confirmed as scrub typhus by either qPCR or IFA. Among the 20 patients for whom both eschar and whole blood were obtained, 17 (85%) of the eschar specimens and 5 (25%) of the whole blood specimens tested positive for O. tsutsugamushi by qPCR. Genetic analysis of the 56-kDa TSA gene sequences demonstrated that the 14 sequences obtained in this study, including 12 eschar swabs and 2 whole blood specimens, were related to 4 groups: Karp, Kawasaki, Gilliam (JG-v and TG-v) and TA716. The majority (9/14; 64.4%) of contemporary O. tsutsugamushi genotypes in Quang Nam province were related to the Karp group. Besides, IFA results showed that 2 (3%) other patients were probable murine typhus—caused by Rickettsia typhi while qPCR tests were negative for this bacteria. Subsequently, a prospective case-control analysis of the etiologies of AUF in Vietnam was performed. A total of 378 febrile adult patients (AUFs) with a fever of ≤21 days, no evidence of localized infection and negative screening tests for dengue and malaria, and 384 afebrile adult patients (Controls) were prospectively enrolled. Whole blood, plasma, eschar swabs, throat swabs and urine specimens were collected and applied for laboratory analyses. qPCR, qRT-PCR and serological tests were used for testing 55 bacteria, viruses and their subtypes. The most common etiology was influenza virus (20.9% in AUFs versus 0% in Controls), followed by rickettsial agents (mainly O. tsutsugamushi and R. typhi) (11.11% in AUFs versus 0.26% in Controls), dengue virus (7.67% in AUFs versus 0.52% in Controls), Leptospira (4.76% in AUFs versus 0.78% in Controls), adenovirus (4.76% in AUFs versus 1.04% in Controls), and enterovirus (2.12% in AUFs versus 0% in Controls) (p<0.05). A total of 217 patients (57.4%) were given a causative diagnosis with 144 (66.36%) mono-infections and 73 (33.64%) co-infections. Consequently, such data of rickettsial agents and other etiologies in Vietnam obtained from this project are extremely useful in guiding the diagnosis, management and preventive-health methods for patients with AUF in the future in Vietnam as well as in the tropics worldwide.