Soutenance de thèse de SELMA CHABOU

La résistance aux antibiotiques est devenue une priorité mondiale en matière de santé publique et animale. Sur cette lumière, notre travail de thèse est scindé en deux volets ; Le premier volet est articulé en deux axes, le premier axe est une contribution à l'étude du répertoire de l’utilisation de la colistine chez les animaux. Ce premier chapitre est une revue de littérature mettant le point sur l’épidémiologie et l’émergence de la résistance à la colistine chez les animaux. Le deuxième axe de ce volet est consacré à la recherche et caractérisation de l’émergence et la dissémination de la résistance plasmidique à la colistine. Dans ce dernier axe, nous avons détecté en premier lieu la présence de mcr-1 dans des E. coli isolées sur des selles des humains de Laos et de la Thaïlande ainsi que dans des E. coli de porc de Laos et des poulets d’Algérie. Il s’agit de la première description de mcr-1 en Afrique. Dans le même axe, nous avons pu designer des systèmes de détection rapide, notamment de PCR en temps réel et PCR standard afin de détecter et caractériser mcr-1 dans les échantillons surtout d’origine animale. Ces systèmes ont été appliqués sur des collections de fientes de poulets et de fèces de bovins, ovins et caprins d’Algérie, ainsi que sur des fientes de goéland de Marseille. L’étude phénotypique (culture, isolement, MALDI TOF, antibiogramme, CMI…) et génotypique (PCR en temps réel, PCR standard, MLST et séquençage) sur l’ensemble du matériel biologique déjà cité nous a permis de détecter mcr-1 sur des fientes de poulets, fèces de caprins. Le deuxième volet de cette thèse est consacré en premier à dresser une synthèse bibliographique sur la prévalence et l’émergence de bactéries résistantes à la colistine et aux carbapénèmes chez les animaux du bassin méditerranéen. Un dernier travail s’est consacré à la recherche et caractérisation des bactéries résistantes aux Beta lactames et aux carbapénèmes dans 8 régions en Algérie et aux sud de la France. A travers cette dernière investigation nous avons trouvé une forte prévalence et diversité des gènes de BLSE et de carbapénèmases dans les fèces de volailles d'Algérie, alors qu'aucuns des échantillons de Marseille n'étaient positif pour ces gènes.

Antibiotic resistance is a global priority in public and animal health. On this light, our work of thesis is divided into two parts; The first part is articulated on two axes, the first axis is a contribution to the study of the colistin use repertoire in animals. This first chapter is a literature review on the epidemiology and emergence of colistin resistance in animals. The second part of this component is dedicated to the research and characterization of the plasmid resistance to colistin emergence and dissemination. In this latter axis, we first detected the presence of mcr-1 in E. coli isolated from human’s stools in Laos and Thailand and E. coli isolated from pig in Laos and chicken from Algeria. This is the first description of mcr-1 in Africa. In the same axis, we designed a rapid detection system, including real-time PCR and standard PCR to detect and characterize mcr-1. These systems were applied to a collections of chicken droppings and feces of cattle, sheep and goats from Algeria, as well as droppings of gulls from Marseille. The phenotypic (culture, isolation, MALDI TOF, antibiogram, MIC ...) and genotyping (real-time PCR, standard PCR, MLST and sequencing) studies on all the biological material already mentioned, allowed as to detect mcr- 1 in chicken droppings and goat feces. The second part of this thesis is devoted to a bibliographical synthesis on the prevalence and emergence of bacteria resistant to colistin and carbapenems in animals from the Mediterranean basin. A final work was carried out in the research and characterization of bacteria resistant to beta lactams and carbapenems in 8 regions in Algeria and in the south of France. In this investigation we have found a high prevalence and diversity of ESBL genes and carbapenemases in the feces of poultry from Algeria. However, none of the samples from Marseille was positive for the tested genes.