Soutenance de thèse de Angéline ANTEZACK

La cavité orale abrite un véritable écosystème regroupant une communauté microbienne complexe et diverse incluant des bactéries, des champignons, des virus, des archées et des protozoaires. Ensemble, ces différents microorganismes constituent le microbiote oral. L’amélioration constante des techniques de détection et d’identification microbienne et l’avènement des techniques « omics » ont considérablement contribué à une meilleure appréciation de la véritable diversité de ce microbiote. Actuellement, la base de données de référence eHOMD (expanded Human Oral Microbiome Database) recense 774 espèces bactériennes orales et est constamment enrichie par la découverte de nouvelles espèces dont les potentiels liens avec la santé orale ou des pathologies telles que les parodontites restent encore à explorer. Au travers d’une revue de la littérature et méta-analyse, la première partie de ce travail a ainsi été consacrée à étudier l'existence d'une éventuelle association statistique entre des nouveaux pathogènes parodontaux supposés et la parodontite. Le domaine des Archées et 25 espèces bactériennes, autres que celles déjà suggérées comme potentielles parodontopathogènes dans la littérature, ont été retrouvées statistiquement associées à la parodontite. Ce premier résultat souligne l’intérêt de poursuivre l’exploration du microbiote oral via le perfectionnement des méthodes de détection et d’identification microbienne. Dans ce but, la deuxième partie de ce travail s’est portée sur l’optimisation d’une méthode de culture basée sur l’utilisation de bactéries auxiliaires, dites « helper ». Une diversité totale de 184 espèces bactériennes dont 23 nouvelles espèces a été obtenue à partir de 18 échantillons oraux, soulignant le caractère prometteur de la coculture. L’interposition d’une membrane entre la bactérie d’intérêt et son helper a permis de limiter le risque de contamination entre les deux. Cinq nouvelles espèces bactériennes découvertes, Campylobacter massiliensis, Capnocytophaga bilenii, Catonella massiliensis, Kingella bonacorsii et Selenomonas timonae, ont fait chacune l’objet d’une publication internationale présentée en troisième partie.

The oral cavity hosts a true ecosystem, encompassing a complex and diverse microbial community including bacteria, fungi, viruses, archaea, and protozoa. Together, these various microorganisms constitute the oral microbiota. The continuous improvement of microbial detection and identification techniques, coupled with the advent of 'omics' technologies, has significantly contributed to a better understanding of the true diversity within this microbiota. Currently, the expanded Human Oral Microbiome Database (eHOMD) catalogues 774 oral bacterial species and is continuously enriched by the discovery of new species, some of which may have potential links to oral health or pathologies such as periodontitis that are yet to be fully explored. Through a literature review and meta-analysis, the first part of this work was dedicated to studying the potential statistical association between newly assumed periodontal pathogens and periodontitis. Within the domain of Archaea and 25 bacterial species, apart from those already suggested as potential periodontopathogens in the literature, were found to be statistically associated with periodontitis. This initial finding underscores the importance of further exploring the oral microbiota by refining microbial detection and identification methods. With this objective, the second part of this work focused on optimizing a culture method based on the use of helper bacteria. A total diversity of 184 bacterial species, including 23 new species, was obtained from 18 oral samples, emphasizing the promising nature of coculture. The interposition of a membrane between the bacteria of interest and their helper helped limit the risk of contamination between the two. Five newly discovered bacterial species - Campylobacter massiliensis, Capnocytophaga bilenii, Catonella massiliensis, Kingella bonacorsii, and Selenomonas timonae - were each the subject of an international publication presented in the third part.