Soutenance de thèse de Rim IWAZA

é Le microbiote intestinal humain est principalement concentré dans le côlon et est composé d'une majorité de bactéries, complété par quelques archées, eucaryotes et virus. Des altérations de la composition microbienne ont été associées à diverses maladies gastrointestinales. Ceci est la cause de l'intérêt croissant de la communauté scientifique pour ce sujet. Ceci nous a poussé à rédiger une revue bibliographique sur une bactérie de grande intérêt scientifique : Akkermansia muciniphila, en discutant ses relations avec la santé et les maladies, et son utilisation potentiel en tant que probiotique. La plupart des recherches sur le microbiote digestif et l’interaction hôte microbe sont basées sur des études sur le microbiote fécal, mais ceci ne donne pas une représentation exacte du microbiote du tractus supérieur responsable de ces interactions. Ce travail vise à caractériser le microbiote du tractus supérieur, notamment celui de l’iléon, en utilisant deux techniques : la culturomique et la métagénomique. Ce travail se concentre aussi sur l’optimisation des conditions de collection et de la culture en comparant deux types de prélèvements : des prélèvements opératoires et des prélèvements post-opératoires. Pendant cette thèse, nous avons pu identifier au niveau de l’iléon 851 espèces bactériennes, 5 champignons, 3 CPR (Candidate Phyla Radiation) et 1 archée lorsque les deux approches sont combinées. On a aussi démontré que le nombre d’espèces isolées par culture ou identifiées par métagénomique ainsi que la proportion de bactéries aéro-intolérantes sont significativement plus importants dans les échantillons opératoires. Nous avons aussi réussi à isoler des nouvelles espèces dont 3 ont été décrites selon l’approche taxonogénomique. Cette thèse est un avancement important dans nos connaissances sur le microbiote intestinal supérieur pour comprendre sa fonction dans les interactions hôte microbe.

The human intestinal microbiota is mainly concentrated in the colon and comprises a majority of bacteria, complemented by a few archaea, eukaryotes and viruses. Alterations in microbial composition have been associated with various gastrointestinal diseases. This is the reason for the scientific community's growing interest in this subject. This prompted us to write a literature review on a bacterial specie of great scientific interest: Akkermansia muciniphila, discussing its relationship with health and disease, and its potential use as a probiotic. Most gut microbiota research and host-microbe interactions are based on studies of the fecal microbiota, but this does not accurately represent the upper tract microbiota responsible for these interactions. This work aims to characterize the microbiota of the upper tract, particularly that of the ileum, using culturomics and metagenomics. This work also focuses on optimizing collection and culture conditions by comparing two types of samples: surgical samples and ileal pouch samples collected after surgery. During this thesis, we were able to identify 851 bacterial species, 5 fungi, 3 CPRs (Candidate Phyla Radiation), and 1 archaea in the ileum when the two approaches were combined. We also demonstrated that the number of species isolated by culture or identified by metagenomics, as well as the proportion of aero-intolerant bacteria, were significantly higher in surgical samples. We also succeeded in isolating new species, 3 of which were described using the taxonogenomics approach. This thesis represents an important step forward in our knowledge of the upper intestinal microbiota, providing us a better view to understand its function in host-microbe interactions.