Soutenance de thèse de Adel AZOUR

Beaucoup d’Entérobactéries sont naturellement présents dans le tube digestif humain et font partie de la flore intestinale. Ils sont une cause fréquente d'infections des voies urinaires (IVU) et dans certains cas, de diarrhées. Ces agents pathogènes ont la capacité de provoquer des complications potentiellement mortelles. Différents types d’Entérobactéries peuvent être pathogènes tels que les souches d'Escherichia coli responsables d'infections intestinales et extra-intestinales telles que les infections des voies urinaires (UTI), les péritonites, les pneumonies et les bactériémies chez les humains et les animaux. Certaines souches d'E. coli pathogènes possèdent l'îlot de pathogénicité pks, qui est composé d'un cluster de 19 gènes clbA-clbS, responsable de la synthèse de la colibactine, une génotoxine hybride polykétide-NRP. La colibactine est une substance toxique qui affecte la santé humaine ; de plus, il a été démontré que les souches d’E. coli abritant des îlots pks était plus répandue dans les échantillons de biopsie du cancer colorectal (CCR). De plus, la résistance aux antibiotiques chez les Enterobacteriaceae y compris chez les espèces d’E. coli est devenu un problème majeur de santé publique. Cette résistance aux antibiotiques et surtout aux carbapénèmes s’avère inquiétant vu que cette classe d’antibiotiques est parfois considérée comme une dernière ligne de traitement des organismes résistants. C'est dans ce contexte que ce projet de thèse s'articule avec les objectifs suivants: (i) comprendre la toxicité causée par les souches d’E. coli possédant le cluster de gènes clb responsable de la synthèse de la colibactine, en étudiant le système toxine/antitoxine qui se trouve dans ce cluster et voir si le gène clbP de ce cluster pourrait être un membre potentiel de la famille des β-lactamases, (ii) effectuer des analyses moléculaires et cliniques sur des entérobactéries pour recherche la présence du cluster de gènes clb (iii) réaliser des études épidémiologiques moléculaires sur des bactéries résistantes aux carbapénèmes et à la colistine isolées au Liban, (iiii) étudier le profil de résistance aux antibiotiques en analysant le resistome des 28000 génomes d'E. coli. Mots clés : Toxine, colibactine, résistance aux antibiotiques, Escherichia coli.

Many Enterobacteriaceae are naturally present in the human digestive tract and are part of the intestinal flora. They are a common cause of urinary tract infections (UTIs) and, in some cases, diarrhea. These pathogens have the ability to cause life-threatening complications. Different types of Enterobacteriaceae can be pathogenic such as strains of Escherichia coli which are a causative agent of intestinal and extra-intestinal infections such as urinary tract infections (UTI), peritonitis, pneumonia and bacteremia in humans and animals, as well as a commensal gut inhabitant. On the other hand, one of the E. coli pathogens, the E. coli which has the pathogenicity island pks which is composed of a cluster of clbA-clbS genes which allows the production of colibactin, a polyketide-NRP hybrid genotoxin. Colibactin is a toxic substance that affects human health, moreover, it has been shown that E. coli harboring pks islands was more prevalent in colorectal cancer (CRC) biopsy specimens. In addition, antibiotic resistance can develop in Enterobacteriaceae, as in all bacteria, including the carbapenem antibiotics, which are sometimes used as last line of antibiotic treatment for multidrug resistance bacteria (MDR). It is in this context that this thesis project is articulated with the following objectives: (i) to understand the toxicity caused by E. coli which has the clb gene cluster which is responsible for colibactin synthesis in studying the toxin/antitoxin system that is found in this cluster and see if the clbP gene from this cluster could be a potential member of the β-lactamase family, (ii) to perform molecular and clinical analyzes of bacteria to detect the clb gene cluster, (iii) to performance of molecular epidemiology studies on bacteria resistant to carbapenems and colistin isolated in Lebanon, (iiii) to determine the resistance profile by viewing the resistomes of 28,000 genomes of E. coli. Keywords: Toxin, colibactin, antibiotic resistance, Escherichia coli.