Soutenance de thèse de Codou NDIAYE

Le microbiote de la peau humaine est complexe, et est constitué d'un mélange de différents groupes de micro-organismes ayant des types respiratoires différents. Malgré les progrès technologiques dans l'exploration du microbiote humain et les nombreuses études menées sur le microbiote du tube digestif, le microbiote cutané des sujets en bonne santé demeure un microbiote négligé. Jusqu'à récemment, la microbiologie de la peau était limitée à des études dépendantes de la culture, la plupart des échantillons provenant de pathologies telles que la sclérodermie, le psoriasis, l'eczéma et la rosacée. Malgré l’avènement de nouvelles techniques moléculaires qui a permis de mettre en évidence la diversité microbienne observée au niveau du revêtement cutané,le microbiote cutané reste toutefois compliqué à étudier car la peau présente des caractéristiques spécifiques en termes d’interactions écologiques avec l’environnement par rapport aux autres surfaces épithéliales. Dans cette thèse, nous avons utilisé l’approche culturomique pour explorer le microbiote cutané d'individus en bonne santé. Nous avons isolé 176 bactéries par culturomique. Parmi ceux-ci, nous avons ajouté 58 bactéries au répertoire du microbiote cutané, dont 6 nouvelles espèces isolées pour la première fois chez l’homme. Nous avons ainsi augmenté le répertoire microbien associé à la peau humaine en découvrant et en décrivant de nouvelles espèces bactériennes qui sont décrites dans la dernière partie de cette thèse. Dans cette partie nous avons également étudié le portage asymptomatique de certaines bactéries pathogènes sur la peau de sujets en bonne santé. Nous avons collecté 649 écouvillons auprès d'une population saine à Dielmo et Ndiop, dans les zones rurales du Sénégal. L'échantillonnage a été effectué sur la paume des mains. Une qPCR ciblant huit bactéries différentes a été effectuée sur 614 échantillons de peau après contrôle de l’extraction à l’actine. Nous avons détecté Streptococcus pneumoniae dans 33,06%, Staphylococcus aureus dans 18,08% et Streptococcus pyogenes dans 1,95% des échantillons. Un portage asymptomatique de S. pneumoniae a été détecté dans plus d'un tiers d'une population rurale en Afrique rurale, ce qui souligne la nécessité de développer des programmes de désinfection des mains afin de réduire la charge des infections. Dans cette partie de la thèse nous avons étudié l’impact de l’utilisation quotidienne du savon sur l’incidence des infections respiratoires, des fièvres et des bactéries pathogènes sur la peau. Nous avons distribué du savon à la population du village de Ndiop (test) pour son hygiène quotidienne, mais pas à la population du village de Dielmo (contrôle). Nous avons enregistré quotidiennement les événements cliniques dans les deux villages et ont encouragé l'utilisation du savon dans le village test. 638 personnes ont participé à l'étude. Les taux d'incidence de la toux, de l'écoulement nasal et des fièvres ont diminué de manière significative en 2016 par rapport à 2015, contrairement à ceux de la diarrhée. En 2016, des réductions significatives des taux d'incidence de la toux, de l'écoulement nasal et de la fièvre ont été observées chez les enfants de moins de 15 ans dans le Ndiop. La prévalence de Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus et Streptococcus pyogenes dans la paume des mains a chuté de manière significative dans le village test. Nous avons pu démontrer que l'utilisation du savon à travers le lavage des mains et une hygiène corporelle quotidienne réduit l'incidence des infections respiratoires, des fièvres et la prévalence des bactéries pathogènes sur la peau.

The microbiota of human skin is complex, and is made up of a mixture of different groups of microorganisms with different respiratory types. Despite technological advances in the exploration of the human microbiota and the many studies conducted on the microbiota of the digestive tract, the skin microbiota of healthy subjects remains a neglected microbiota. Until recently, skin microbiology was limited to culture-dependent studies, with most samples coming from conditions such as scleroderma, psoriasis, eczema and rosacea. Despite the advent of new molecular techniques that have made it possible to highlight the microbial diversity observed in the skin lining, however, the skin microbiota remains complicated to study because the skin has specific characteristics in terms of ecological interactions with the environment compared to other epithelial surfaces. In this thesis, we used the culturomic approach to explore the cutaneous microbiota of healthy individuals. We isolated 176 bacteria per culturomic. Of these, we added 58 bacteria to the repertoire of the cutaneous microbiota, including 6 new species isolated for the first time in humans. We have thus increased the microbial repertoire associated with human skin by discovering and describing new bacterial species which are described in the last part of this thesis. However, the skin can be a transmission route for pathogenic bacteria responsible for certain infectious diseases that are one of the main causes of morbidity and mortality in the world. However, their impact depends largely on geographical location and level of development, including hygiene conditions. and hygiene has long been recognized as one of the simplest and most available tools to reduce the risk of infection transmission and is considered the primary infection control measure. In this section we have also studied the asymptomatic carrying of certain pathogenic bacteria on the skin of healthy subjects. We collected 649 swabs from a healthy population in Dielmo and Ndiop in rural Senegal. Sampling was carried out on the palms of the hands. A qPCR targeting eight different bacteria was performed on 614 skin samples after actin extraction control. We detected Streptococcus pneumoniae in 33.06%, Staphylococcus aureus in 18.08% and Streptococcus pyogenes in 1.95% of the samples. Asymptomatic S. pneumoniae carriage was detected in more than one third of a rural population in rural Africa, underscoring the need to develop hand disinfection programs to reduce the burden of infection. In this part of thesis, we studied the impact of daily soap use on the incidence of respiratory infections, fevers and pathogenic bacteria on the skin. We distributed soap to the population of the village of Ndiop (test) for their daily hygiene, but not to the population of the village of Dielmo (control). We recorded daily clinical events in both villages and encouraged the use of soap in the test village. 638 people participated in the study. The incidence rates of cough, runny nose and fevers decreased significantly in 2016 compared to 2015, in contrast to those of diarrhoea. In 2016, significant reductions in the incidence rates of cough, runny nose and fever were observed in children under 15 years of age in Ndiop. The prevalence of Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus and Streptococcus pyogenes in the palms of the hands dropped significantly in the test village. We were able to demonstrate that the use of soap through hand washing and daily personal hygiene reduced the incidence of respiratory infections, fevers and the prevalence of pathogenic bacteria on the skin.