Soutenance de thèse de Marion BONNET

Du fait de l’explosion du nombre de nouvelles espèces bactériennes découvertes dans notre laboratoire grâce à la technique de culturomics, qui consiste à utiliser un très grand nombre de milieux de culture et de conditions de culture afin d’étendre le répertoire des bactéries, la culture bactérienne a connu un nouvel essor depuis plusieurs années. En effet, suite à la découverte des techniques moléculaires, la culture a été considérée comme dépassée par un grand nombre de microbiologistes. Cependant, de précédentes études ont depuis mis en évidence que les techniques moléculaires et la culture bactérienne sont complémentaires. Le développement de nouveaux milieux et de nouvelles techniques de culture est primordial car cela permettra d’optimiser la croissance de certaines bactéries ou encore d’isoler des bactéries fastidieuses à cultiver. Pour cela, la connaissance de l’environnement naturel de la bactérie et de ses besoins nutritifs apparait fondamentale pour isoler les bactéries et éviter ainsi qu’elles demeurent dans la catégorie des bactéries « incultivées ». De plus, il est également nécessaire de développer des milieux sélectifs afin d’isoler spécifiquement des bactéries. En effet, certaines bactéries ont une grande importance en santé humaine et notamment dans l’induction de la réponse aux traitements de certaines maladies, en particulier les anti-cancéreux. Mettre rapidement en évidence ces bactéries dans le microbiote des malades amenés à recevoir ces traitements pourra permettre un gain de temps dans la prise en charge de leur maladie. De plus, arriver à cultiver dans un même milieu les bactéries anaérobies et aérobies en conditions d’aérobiose permettrait également une plus grande rapidité dans le rendu des résultats et le traitement des patients en cas d’infection. Ce travail de thèse a été divisé en quatre objectifs : 1) établir les éléments essentiels à l’élaboration d’un milieu de culture et à la croissance des bactéries, 2) mettre au point un milieu de culture qui permette l’isolement de la bactérie Enterococcus hirae, du fait de son importance dans l’induction de la réponse au traitement par cyclophosphamide, 3) optimiser un milieu de culture qui permette à la fois la croissance des bactéries anaérobies et aérobies en conditions d’aérobiose, 4) Développer une technique qui permette d’hydrater en continu la gélose lors de son incubation prolongée à l’étuve dans le cas des bactéries à croissance lente par exemple.

Due to the explosion in the number of new bacterial species discovered in our laboratory thanks to the culturomics technique, which consists in using a very large number of culture media and culture conditions to extend the repertoire of bacteria, bacterial culture has experienced a new boom in recent years. Indeed, following the discovery of molecular techniques, the culture was considered outdated by a large number of microbiologists. However, previous studies have since shown that molecular techniques and bacterial culture are complementary. The development of new culture media and new culture techniques is essential because it will optimize the growth of certain bacteria or isolate fastidious bacteria to be cultivated. For this reason, knowledge of the bacterium's natural environment and its nutritional needs appears fundamental because otherwise the bacteria will not be isolated and will remain in the category of "uncultivated" bacteria. In addition, it is also necessary to develop selective media in order to specifically isolate bacteria. Indeed, certain bacteria have a great importance in human health and in particular in the induction of the response to the treatment of certain diseases, in particular anti-cancer treatments. Rapid detection of these bacteria in the microbiota of patients receiving these treatments could save time in the management of their disease. In addition, the ability to culture anaerobic and aerobic bacteria in the same medium under aerobic conditions would also allow for faster results and treatment of patients in the event of infection. This thesis work has been divided into four objectives: 1) establish the essential elements for the development of a culture medium and the growth of bacteria, 2) develop a culture medium that allows the isolation of Enterococcus hirae bacteria because of its importance in inducing response to cyclophosphamide treatment, 3) optimize a culture medium that allows both anaerobic and aerobic bacteria to grow under aerobic conditions, 4) Develop a technique that continuously hydrates the agar during its prolonged incubation in the oven in the case of slow-growing bacteria, for example.