Ecole Doctorale
Sciences de la Vie et de la Santé
Spécialité
Biologie-Santé - Spécialité Biologie du Développement
Etablissement
Aix-Marseille Université
Mots Clés
Syndrome de Cornélia de Lange,NIPBL,coeur,,
Keywords
Cornelia de Lange syndrome,NIPBL,heart,,
Titre de thèse
Rôle de NIPBL dans le développement cardiaque
Function of NIPBL in the cardiac development
Date
Mercredi 8 Juillet 2020 à 14:00
Adresse
Faculté de Médecine
27 Bd Jean Moulin
13385 Marseille Cedex 05
FRANCE
en attente de confirmation
Jury
CoDirecteur de these |
M. Thomas MOORE-MORRIS |
Institut de Génomique Fonctionnelle |
Examinateur |
M. Jean-Christophe ANDRAU |
Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier |
Rapporteur |
M. Frank LEZOUALCH |
Université Toulouse III Paul Sabatier / UMR 1048 Inserm |
Rapporteur |
Mme Luisa DI STEFANO |
Université de Toulouse Paul Sabatier |
Examinateur |
M. Jean Louis MEGE |
Université dAix Marseille |
Examinateur |
Mme Adèle FAUCHERRE |
Institut de Génomique Fonctionnelle |
Résumé de la thèse
Le complexe cohésine, un large anneau pouvant encercler les brins dADN, est requis dans lorganisation 3D du génome qui contribue à réguler lexpression des gènes en modulant linteraction entre les éléments de régulation tels que les promoteurs et les enhancers. Cette dynamique est notamment essentielle pour la régulation de lexpression des gènes clés de lidentité cellulaire. Le Syndrome de Cornelia de Lange (SCdL) est une maladie congénitale rare affectant jusquà 1/45 000 naissances. Cette pathologie est le plus souvent associée à une mutation de NIPBL, qui a pour fonction principale de charger le complexe cohésine sur lADN. Le phénotype des patients atteints du SCdL est très hétérogène et cette pathologie affecte de multiples organes dont le cur. La première partie de ma thèse porte sur les défauts valvulaires des patients. Aucune étude rapportant les caractéristiques des valves cardiaques des souris Nipbl+/- a été publiée, alors même que les défauts liés aux valves sont courants chez les patients SCdL. Nous avons montré que les souris Nipbl+/- présentent un épaississement des cuspides de la valve aortique ainsi quun retard de septation de la voie déjection. Dans une deuxième partie nous nous sommes interrogés sur le rôle de NIPBL durant la cardiogenèse. Nous avons réalisé des expériences dimmunoprecipitation de chromatine (ChIP) pour comprendre le lien entre NIPBL et les gènes dérégules en labsence de Nipbl que nous avons identifié dans les progéniteurs cardiaques par une analyse de type transcriptome en cellule unique. Enfin la dernière partie de ma thèse porte sur la génération de lignées de poissons zèbre déficientes en nipbl, permettant délargir le panel de modèles SCdL disponibles pour létude de cette pathologie.
Thesis resume
The cohesin complex, a large ring able to encircled DNA, is required for establishing 3D genome structure. By forming DNA loops, this complex is directly involved in the cis-regulation of gene expression by enabling interactions between the regulatory elements such as enhancers and promoters. These dynamics are essential for the regulation of key cell identity genes. Cornelia de Lange Syndrome (CdLS) is a congenital disease affecting up to 1/45 000 live births. This disease is mostly associated with mutations in NIPBL, which loads the cohesin complex onto the DNA. CdLS is a multi-systemic disorder, affecting the heart in various ways. The first part of my thesis is on valve defects, that are often observes in CdLS patients but had not been studied in the mice models of CdLS. We reported that Nipbl+/- mice present a thickening of the aortic cuspid valve and a delayed septation of the outflow tract. In the second part, we study the function of NIPBL in cardiogenesis. We performed chromatin immunoprecipitation (ChIP) experiments to understand the link between NIPBL and genes deregulated by the absence of Nipbl identified by single cell transcriptomic analysis in cardiac progenitors. Finally, we used CRISPR-cas9 technology to generate a nipbl+/- zebrafish to increase the panel of CdLS models available.