Monsieur Quentin FERRE / Docteur
enseignant-chercheur, enseignant du supérieur*chercheur en entreprise, R&D du secteur privé*pilotage de la recherche et de l'innovation, gestion de projets innovants, pilotage de structures innovantes*expertise, études et conseils dans des organisations, cabinets ou sociétés fournissant des prestations intellectuelles, des expertises scientifiques, prospectives ou stratégiques*
Emplois
Informations complémentaires : Jeux vidéo & modding – Littérature – Histoire du monde – Musculation – Écriture
Recherche : NON
Compétences
Langages de programmation: R, Python (Numpy, Pandas, Cython, ...) , C++, Java – Notions de Perl, langages du Web (HTML, PHP, CSS, Javascript), MySQL, Django Informatique: Git – Algorithmique – Pipelines – Interfaces graphiques (Java, Python) – Expérience avec les systèmes Unix (Xubuntu, Debian) et Windows
Techniques maîtrisées
Biologie: Phylogénie et évolution – Génomique – Réseaux – Méthodes bioinformatiques pour la cis-régulation – Notions de biochimie structurale Mathématiques: Analyse statistique des données NGS – Analyse Multidimensionnelle des Données Machine Learning : SK-Learn, Keras, réseaux neuronaux (CNN, LSTM, ...), classification supervisée et non supervisée, optimisation, analyse de données
Doctorat
Titre : Biologie-Santé - Spécialité Bioinformatique et Génomique
1ère inscription en thèse : 1 octobre 2017 / 4A
Ecole doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Date de soutenance de thèse : 23 March 2021
Sujet : Tirer parti des combinaisons d'éléments cis-régulateurs
Directeur de thèse : VAN HELDEN Jacques
Co-directeur : CAPPONI Cécile
Unité de recherche : TAGC - Theories and Approaches of Genomic Complexity
Master
Titre : Master Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique
juin 2017 - AMU
Mention : Très Bien
Production scientifique
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OLOGRAM: determining significance of total overlap length between genomic regions sets
Bioinformatics, 2019
Q. Ferré, G. Charbonnier, N. Sadouni, F. Lopez, Y. Kermezli,S. Spicuglia, C. Capponi, B. Ghattas and D. Puthier
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz810
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atyPeak : Correlating TRBS ChIP-seq peaks from multiple datasets in ReMap using deep convolutional autoencoders
ISMB/ECCB 2019, 2019
Q. Ferré, J. Chèneby, D. Puthier, C. Capponi, B. Ballester
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Monte Carlo based mining of enriched n-wise combinations of genomic features with dictionary learning
Bioinformatics, 2020
Q. Ferré, C. Capponi, D. Puthier
Langues
Anglais : C2 - Courant
Espagnol : B2 - Intermédiaire supérieur
Français : Maternel