Monsieur Quentin FERRE / PhD
enseignant-chercheur, enseignant du supérieur*chercheur en entreprise, R&D du secteur privé*pilotage de la recherche et de l'innovation, gestion de projets innovants, pilotage de structures innovantes*expertise, études et conseils dans des organisations, cabinets ou sociétés fournissant des prestations intellectuelles, des expertises scientifiques, prospectives ou stratégiques*
Jobs
Additional information : Jeux vidéo & modding – Littérature – Histoire du monde – Musculation – Écriture
Research : NON
Skills
Langages de programmation: R, Python (Numpy, Pandas, Cython, ...) , C++, Java – Notions de Perl, langages du Web (HTML, PHP, CSS, Javascript), MySQL, Django Informatique: Git – Algorithmique – Pipelines – Interfaces graphiques (Java, Python) – Expérience avec les systèmes Unix (Xubuntu, Debian) et Windows
Techniques
Biologie: Phylogénie et évolution – Génomique – Réseaux – Méthodes bioinformatiques pour la cis-régulation – Notions de biochimie structurale Mathématiques: Analyse statistique des données NGS – Analyse Multidimensionnelle des Données Machine Learning : SK-Learn, Keras, réseaux neuronaux (CNN, LSTM, ...), classification supervisée et non supervisée, optimisation, analyse de données
PhD
Title : Biologie-Santé - Spécialité Bioinformatique et Génomique
First registration date : 1 October 2017 / 4A
Doctoral school : Sciences de la Vie et de la Santé
Thesis defense date : 23 March 2021
Subject : Tirer parti des combinaisons d'éléments cis-régulateurs
Thesis supervisor : VAN HELDEN Jacques
Thesis co-supervisor : CAPPONI Cécile
Research unit : TAGC - Theories and Approaches of Genomic Complexity
Master's degree
Title : Master Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique
June 2017 - AMU
Mention : Très Bien
Publications
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OLOGRAM: determining significance of total overlap length between genomic regions sets
Bioinformatics, 2019
Q. Ferré, G. Charbonnier, N. Sadouni, F. Lopez, Y. Kermezli,S. Spicuglia, C. Capponi, B. Ghattas and D. Puthier
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz810
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atyPeak : Correlating TRBS ChIP-seq peaks from multiple datasets in ReMap using deep convolutional autoencoders
ISMB/ECCB 2019, 2019
Q. Ferré, J. Chèneby, D. Puthier, C. Capponi, B. Ballester
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Monte Carlo based mining of enriched n-wise combinations of genomic features with dictionary learning
Bioinformatics, 2020
Q. Ferré, C. Capponi, D. Puthier
Languages
Anglais : C2 - Courant
Espagnol : B2 - Intermédiaire supérieur
Français : Maternel