Soutenance de thèse de Edgarthe NGAIGANAM

L'émergence et la propagation de bactéries multi-résistantes (BMR) constituent un problème majeur de santé publique à l'échelle mondiale. De nos jours, certains antibiotiques sont de plus en plus utilisés aussi bien en médecine vétérinaire qu’en médecine humaine et également dans l’agriculture, en particulier dans les aliments des animaux et en aquaculture. Par conséquent, la résistance aux β-lactamines, aux carbapénèmes et à la colistine n'est pas seulement observée chez les bactéries pathogènes mais également chez les organismes environnementaux qui servent de réservoirs et de vecteurs pour la dissémination de la résistance. Il existe encore des réservoirs inconnus de bactéries multi-résistantes et de gènes de résistance aux antibiotiques. Ainsi, la compréhension des réservoirs et la transmission des gènes de résistance aux antibiotiques sont indispensables pour contrôler leur émergence ainsi que leur diffusion dans la communauté. En France, l'utilisation des antibiotiques en tant que facteur de croissance ou prophylaxie est réduite dans la production des animaux d’élevage destinés à la consommation. C’est dans ce constat que notre projet de thèse s’inscrit avec comme objectifs : (i) L’isolement et la caractérisation de bactéries productrices de carbapénémases à partir de prélèvements d’oiseaux urbains collectés dans les Parcs et les Plages de Marseille; (ii) La caractérisation de bactéries productrices de β-lactamases à spectre étendu (BLSE) dans les prélèvements environnementaux à Marseille ; (iii) L’étude de la résistance à la colistine de bactéries isolées à partir de prélèvements d’eaux de l’environnement de Marseille et des animaux. Une revue de la littérature sur le rôle des oiseaux en tant que réservoirs de bactéries multi-résistantes a été réalisée comme guise d’introduction de ce projet de thèse. Nos résultats ont montré ainsi la possibilité du transfert horizontal de gènes de résistance aux antibiotiques des animaux et l’environnement vers les humains et suggèrent une transmission zoonotique potentielle entre l'homme et l'animal. Il serait important de surveiller la résistance aux antibiotiques en milieu non-hospitalier et principalement dans l’environnement.

Emergence and spread of multidrug-resistant bacteria (MDR) are a major public health problem worldwide. Nowadays, some antibiotics are increasingly used in veterinary medicine as well as in human medicine and also in agriculture, particularly in animal feed and aquaculture. Therefore, resistance to β-lactams, carbapenems and colistin is not only observed in pathogenic bacteria, but also in environmental organisms that serve as reservoirs and vectors for the spread of resistance. There are still unknown reservoirs of multi-resistant bacteria and antibiotic resistance genes. Thus, the understanding of reservoirs and the transmission of antibiotic resistance genes are essential to control their emergence and their spread in the community. In France, the use of antibiotics as a growth factor or prophylaxis is limited in the production of animals for consumption. It is in this respect that our thesis project is aimed at: (i) Isolation and characterization of carbapenemase-producing bacteria from urban bird samples collected in Marseille's parks and beaches; (ii) Characterization of extended-spectrum β-lactamase producing bacteria (ESBL) from environmental samples in Marseille; (iii) Investigation of colistin resistance in Gram-negative bacteria isolated from water samples and animals in Marseille. A review of the literature on the role of birds as reservoirs of multidrug-resistant bacteria was conducted as an introduction to this thesis project. Our results thus showed the possibility of horizontal transfer of antibiotic resistance genes from animals and the environment to humans and suggest a potential zoonotic transmission between humans and animals. It would be important to monitor antibiotic resistance in non-hospital settings and primarily in the environment.