Soutenance de thèse de BENSEDDIK Fatma
Titre de thèse
Candidate Phyla Radiation dans le microbiote oral humain
Candidate Phyla Radiation in human oral microbiota
Résumé de la thèse
Le développement des outils de séquençage, de métagénomique et de culture ces deux
dernières décennies a permis de mettre en lumière la diversité du microbiote humain dont la
découverte d'un superphylum nommé Candiates Phyla Radiation (CPR) en 1981. Depuis, il a
été suggéré un rôle des CPR avec certaines pathologies humaines, notamment dentaires, étant
donné que la majorité des travaux s'y intéressant analysent des échantillons provenant de la
cavité orale. Ce travail de thèse vise à explorer et à caractériser les CPR dans le microbiote de
la cavité buccale. Un travail bibliographique sur la composition du microbiote orale associé à
la carie et au tartre dentaire a été réalisé afin de déterminer les microorganismes spécifiques à
chaque maladie bucco-dentaire, y compris les CPR. Une des conclusions de ce travail est que
peu d'études ont finalement rapporté un lien entre les CPR et ces deux maladies buccodentaires, probablement dû à la méconnaissance de ce superphylum, qui n'a jamais été isolé en
culture pure à ce jour. C'est pourquoi nous nous somme intéressé à déterminer la prévalence
des CPR, et en particulier des Candidatus Saccharibacteria (TM7) dans des échantillons de
carie et de tartre par approche moléculaires. Nous montrons ainsi que les TM7 sont
significativement plus fréquents et plus abondants dans le tartre que dans la caries dentaires.
Des travaux ultérieurs sont nécessaires pour interpréter cette observation, rendant leur culture
indispensable. C'est pourquoi nous nous sommes attachés à les cultiver, en utilisant un système
de PCR quantitative ainsi que des techniques d'imagerie permettant d'optimiser un protocole
de co-culture avec Schaalia odontolytica. Ces approches combinées ont rendu possible la
détection, l'isolement et le séquençage d'une nouvelle espèce de Candidatus Saccharibacteria
à partir de la salive humaine. Ce travail de thèse constitue un progrès dans nos connaissance sur
les CPR et les méthodes permettant de les étudier, et ouvre ainsi la voie à des travaux ultérieurs
sur la possible implication des CPR en physiologie et en pathologie humaine, et plus
particulièrement dans les maladies bucco-dentaires.
Thesis resume
The development of sequencing, metagenomic and culture tools over the last two decades
has shed light on the diversity of the human microbiota, including the discovery of a
superphylum called Candiates Phyla Radiation (CPR) in 1981. Since then, it has been suggested
that CPR may play a role in certain human pathologies, notably dental, as the majority of studies
have analyzed samples from the oral cavity. This thesis aims to explore and characterize CPR
in the oral microbiota. A literature review on the composition of the oral microbiota associated
with dental caries and tartar was carried out to determine the microorganisms specific to each
oral disease, including CPR. One of the conclusions of this work is that few studies have finally
reported a link between CPR and these two oral diseases, probably due to a lack of
understanding of this superphylum, which has never been isolated in pure culture to date. We
therefore set out to determine the prevalence of CPR, and in particular Candidatus
Saccharibacteria (TM7), in caries and tartar samples using molecular approaches. We show that
TM7 are significantly more frequent and abundant in tartar than in dental caries. Further work
is needed to interpret this observation, making their culture essential. That's why we set out to
culture them, using a quantitative PCR system as well as imaging techniques to optimize a coculture protocol with Schaalia odontolytica. These combined approaches enabled the detection,
isolation and sequencing of a new species of Candidatus Saccharibacteria from human saliva.
This thesis represents an advance in our knowledge of CPR and the methods for studying them,
and paves the way for further work on the possible involvement of CPR in human physiology
and pathology, and more particularly in oral diseases.