Ecole Doctorale
Sciences de la Vie et de la Santé
Spécialité
Biologie-Santé - Spécialité Maladies Infectieuses
Etablissement
Aix-Marseille Université
Mots Clés
resistance aux antibiotiques,zone tropicale,facteurs de resistance,environnement,
Keywords
Antibiotic resistance,tropical areas,Resistance factors,environment,
Titre de thèse
Prévalence de la résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries dans les zones tropicales de lAfrique et de lAsie.
Prevalence of antibiotic resistance among enterobacteria in tropical Africa and Asia.
Date
Thursday 30 June 2022
Adresse
19-21 Boulevard Jean moulin, 13005 Marseille
IHU Méditerranée Infection Salle 8
Jury
Directeur de these |
M. Jean-Marc ROLAIN |
Aix-Marseille Université, Faculté de Pharmacie |
Examinateur |
M. Raymond RUIMY |
Université Côte dAzur, Nice, France / CHU, Laboratoire de Bactériologie, Hôpital Archet 2: Nice, FR |
Rapporteur |
Mme Isabelle KEMPF |
Anses, laboratoire de Ploufragan,Zoopole les croix,Unité Mycoplasmologie Bactériologie |
Rapporteur |
M. Ziad DAOUD |
Central Michigan University and Michigan Health Clinics |
CoDirecteur de these |
Mme Sophie Alexandra BARON |
Aix-Marseille Université- Faculté de Pharmacie- IHU Méditerranée Infection |
Examinateur |
M. Serge MORAND |
Aix-Marseille Université/ IHU Méditerranée Infection |
Résumé de la thèse
La résistance aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique qui touche la médecine humaine, vétérinaire et lécologie environnementale. Le concept de « One Health » (ou « une seule santé ») consiste à étudier les liens qui existent entre ces écosystèmes et lémergence et la diffusion des maladies infectieuses, dont la résistance aux antibiotiques. Ainsi, les liens entre lutilisation des antibiotiques chez lhomme et dans les élevages, et lémergence de la résistance aux antibiotiques ont déjà été documentés. En revanche, le rôle de lenvironnement dans la dissémination de la résistance aux antibiotiques est plus complexe. Celui-ci peut être contaminé à partir des activités humaines et servir de réservoirs de gènes/bactéries résistantes. Mais lenvironnement naturel est également une source de microorganismes producteurs de molécules antimicrobiennes. Ces microorganismes, ou ceux qui survivent dans le même environnement, sont capables de résister à ces antimicrobiens par divers mécanismes de résistance. Certains mécanismes peuvent ensuite être transmis à des bactéries pathogènes pour lhomme, permettant ainsi lémergence de nouvelles résistances. La persistance, la mobilisation et la dissémination de ces gènes peuvent être influencés par des facteurs (température, humidité, antimicrobiens, métaux lourds
) qui sont encore mal connus. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés à la diffusion de la résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries isolées de prélèvements humains, animaux et/ou environnementaux prélevés dans deux écosystèmes de la zone tropicale en Asie et en Afrique.
Les objectifs de cette thèse ont été divisés en trois parties : i) établir un état des lieux des facteurs influençant directement ou indirectement la transmission de la résistance aux antibiotiques, en se focalisant sur la zone tropicale ; ii) comprendre la dynamique de la transmission de la résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries isolées des prélèvements danimaux et de lenvironnement collectés dans des réserves naturelles d'Afrique (République démocratique du Congo et Sénégal) ; iii) comprendre la dynamique de la transmission de la résistance aux antibiotiques dans les fermes de petites et moyennes tailles entre les animaux délevage et les travailleurs en Thaïlande.
Thesis resume
Antibiotic resistance is a major public health problem that affects human and veterinary medicine and environmental ecology. The concept of "One Health" points on studying the links between these ecosystems and the emergence and spread of infectious diseases, including antibiotic resistance. Thus, the links between the use of antibiotics in humans and livestock, and the emergence of antibiotic resistance have already been documented. However, the role of the environment in the dissemination of antibiotic resistance is more complex. The environment can be contaminated by human activities and serves as a reservoir of resistant genes/bacteria. However, the natural environment is also a source of microorganisms that produce antimicrobial molecules. These microorganisms, or those that survive in the same environment, can resist these antimicrobials through various resistance mechanisms. Some of these mechanisms can then be transmitted to bacteria that are pathogenic to humans, allowing the emergence of new resistances. Persistence, mobilization and dissemination of these genes can be influenced by factors (temperature, humidity, antimicrobials, heavy metals...) that are still poorly understood. In this work, we were interested in the dissemination of antibiotic resistance in enterobacteria isolated from human, animal and/or environmental samples collected in two ecosystems of the tropical zone in Asia and Africa.
The objectives of this thesis were divided into three parts: (i) to establish an overview of the factors influencing directly or indirectly the transmission of antibiotic resistance, focusing on the tropical zone; (ii) to understand the dynamics of antibiotic resistance transmission in enterobacteria isolated from animal and environmental samples collected from nature reserves in Africa (Democratic Republic of Congo and Senegal); and (iii) to understand the dynamics of antibiotic resistance transmission in small and medium-sized farms between livestock and workers in Thailand.