Soutenance de thèse de BOUABBOUNE Chaïnez
Titre de thèse
Dynamique de réplication des séquences télomériques chez la levure Schizosaccharomyces pombe
Replication dynamics of telomeric sequences in Schizosaccharomyces pombe yeast
Résumé de la thèse
Les télomères sont des structures nucléoprotéiques présentes aux extrémités des chromosomes. Ils sont constitués de séquences répétées d'ADN qui sont protégées par un ensemble protéique appelé shelterin. Ces séquences raccourcissent progressivement et naturellement à chaque cycle de réplication de l'ADN, un phénomène connu sous le nom de sénescence réplicative. Un raccourcissement prématuré des télomères peut être à l'origine de maladies génétiques nommées téloméropathies telles que la dyskératose congénitale, l'anémie aplasique et la fibrose pulmonaire idiopathique (FPI)…. Les télomères sont des régions difficiles à répliquer, car de nombreux obstacles entravent la progression de la fourche de réplication. Ces barrières générent un stress réplicatif important et des accidents survenant lors de la réplication peuvent provoquer la perte de séquences télomériques et accélérer leur raccourcissement. Depuis une dizaine d'années, des études ont montré que les protéines du complexe de la shelterin participaient activement à la réplication des télomères pour en faciliter le processus et en assurer le maintien. C'est le cas notamment de la protéine TRF1 et aussi de POT1-TPP1 (Sfeir et al., 2009; Zimmermann et al., 2014; Pinzaru et al., 2016), cependant les mécanismes précis dans lesquels ces facteurs sont impliqués restent encore à élucider.
Au laboratoire, nous utilisons le modèle de levure Schizosaccharomyces pombe car les télomères sont structurellement semblables aux télomères humains. Les mécanismes qui en assurent leur maintien sont aussi assez conservés de la levure à l'homme. Mes recherches se sont focalisées sur le rôle de Pot 1 et de Taz1, l'homologue de TRF1, dans la réplication des séquences terminales.
Pour étudier le rôle de Pot1 dans la réplication des régions terminales, nous avons utilisé, un mutant hypomorphe et thermosensible pot1-1, décrit précédemment par le groupe de Julie Cooper. Nous avons montré que pot1-1 altère la réplication de l'ADN terminal et entraîne l'accumulation d'ADN simple brin. À température restrictive, cette mutation conduit à la perte complète de l'ADN télomérique. Dans les cellules pot1-1, nous avons constaté une diminution du recrutement de Stn1, un facteur associé à Ten1, qui est important pour recruter Polα (Pol1) et initier de la synthèse d'ADN. La surexpression de Stn1 et de la sous-unité catalytique de Polαrestaure partiellement les pertes de fonction de pot1-1. Nos résultats suggèrent que Pot1 par l'intermédiaire de son partenaire Tpz1 participe au recrutement de Stn1-Ten1 pour initier la synthèse d'ADN au niveau du brin retardé (lagging strand). Ces résultats sont en accord avec nos travaux précédents (Vaurs et al., 2023).
Un autre axe de mon projet de thèse a porté sur l'étude de la fonction de Taz1 et de son mode de régulation dans la réplication des séquences terminales. Nous avons démontré que le domaine de dimérisation de Taz1 est phosphorylé par Rad3 (ATR) spécifiquement en fin de phase S. Nous avons montré aussi que cette phosphorylation module la capacité de Taz1 à se dimériser et à se lier efficacement aux régions télomériques et subtélomériques. Des expériences de ChIP ont révélé que le recrutement de Taz1 est contrôlé en fonction du cycle cellulaire. En effet, nous avons observé que Taz1 est recruté aux séquences terminales en phase S et correspond au recrutement de Pol α suggérant que Taz1 joue un rôle dans le processing du fragment d'Okazaki. L'analyse des interacteurs de Taz1 par spectrométrie de masse a permis d'identifier Lig1, la ligase responsable de la liaison des fragments d'Okazaki entre eux. Ces résultats restent encore à confirmer, mais ils suggèrent que la fonction de Taz1 serait de participer à la synthèse et la maturation du brin retardé pendant la réplication des séquences terminales.
En conclusion, nos résultats apportent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires impliquant les protéines télomériques dans la réplication de l'ADN terminal.
Thesis resume
Telomeres are nucleoprotein structures found at the ends of chromosomes. They consist of repeated DNA sequences that are protected by a protein complex called shelterin. These sequences shorten progressively and naturally with each cycle of DNA replication, a phenomenon known as replicative senescence. Premature telomere shortening can be the cause of genetic diseases known as telomeropathies, such as dyskeratosis congenita, aplastic anemia and idiopathic pulmonary fibrosis (IPF)..... Telomeres are difficult regions to replicate, as numerous barriers impede the progression of the replication fork. These barriers generate significant replicative stress, and accidents occurring during replication can cause the loss of telomeric sequences and accelerate their shortening. Over the last ten years or so, studies have shown that proteins in the shelterin complex actively participate in telomere replication, facilitating the process and ensuring its maintenance. This is notably the case for the TRF1 protein and also POT1-TPP1 (Sfeir et al., 2009; Zimmermann et al., 2014; Pinzaru et al., 2016), however the precise mechanisms in which these factors are involved remain to be elucidated.
In the laboratory, we use the yeast model Schizosaccharomyces pombe because telomeres are structurally similar to human telomeres. The mechanisms by which telomeres are maintained are also quite conserved between yeast and humans. My research has focused on the role of Pot1 and Taz1, the TRF1 homolog, in terminal sequence replication.
To investigate the role of Pot1 in terminal replication, we used a hypomorphic, heat-sensitive pot1-1 mutant previously described by Julie Cooper's group. We showed that pot1-1 impairs terminal DNA replication and leads to the accumulation of single-stranded DNA. At restrictive temperatures, this mutation leads to the complete loss of telomeric DNA. In pot1-1 cells, we found reduced recruitment of Stn1, a Ten1-associated factor important for recruiting Polα (Pol1) and initiating DNA synthesis. Overexpression of Stn1 and the catalytic subunit of Polα partially restores loss-of-function of Pot1-1. Our results suggest that Pot1 via its partner Tpz1 participates in the recruitment of Stn1-Ten1 to initiate DNA synthesis at the lagging strand. These results are in line with our previous work (Vaurs et al., 2023).
Another aspect of my thesis project was to study the function of Taz1 and its mode of regulation in terminal sequence replication. We demonstrated that the dimerization domain of Taz1 is phosphorylated by Rad3 (ATR) specifically at the end of S phase. We have also shown that this phosphorylation modulates the ability of Taz1 to dimerize and bind efficiently to telomeric and subtelomeric regions. ChIP experiments revealed that Taz1 recruitment is controlled as a function of the cell cycle. Indeed, we observed that Taz1 is recruited to terminal sequences in S phase and corresponds to Pol α recruitment suggesting that Taz1 plays a role in Okazaki fragment processing. Analysis of Taz1 interactors by mass spectrometry identified Lig1, the ligase responsible for binding Okazaki fragments together. These results have yet to be confirmed, but they suggest that Taz1's function is to participate in the synthesis and maturation of the delayed strand during terminal sequence replication.
In conclusion, our results provide an understanding of the molecular mechanisms involving telomeric proteins in terminal DNA replication.