Soutenance de thèse de WILDE Vincent
Titre de thèse
Développement d'outils bioinformatique pour la caractérisation et l'analyse de génomes viraux
Development of bioinformatics tools for the characterization and analysis of viral genomes
Résumé de la thèse
La production massive de données bioinformatiques par le séquençage et la mé-
tagénomique ouvre des perspectives fascinantes sur le monde viral. L'émergence de
variants génétiques impacte l'efficacité des vaccins et les options thérapeutiques,
créant un besoin urgent d'outils d'analyse.
En réponse à cette demande croissante, nous présentons deux outils complémen-
taires :
— VIMVer (Viral Instant Mutation Viewer), un service web user-friendly permettant
l'identification directe des mutations dans le génome et le protéome viral. Il
permet une identification et une visualisation rapides des mutations aux niveaux
nucléotidique et protéique, en comparaison avec une séquence de référence.
— VAZyMolO-2, une renaissance du projet original VAZyMolO, intègre des éléments
modulaires couvrant la phylogénie, la génomique et la protéomique. Cette pla-
teforme offre des outils analytiques pour visualiser les fonctions des protéines
virales d'un point de vue phylogénétique, permettant une réflexion à l'échelle
d'une famille virale entière.
Ces deux plateformes, avec leurs interfaces intuitives et leurs bases de données
enrichies par notre équipe, comblent une lacune importante dans l'annotation des
génomes viraux.
Thesis resume
The massive production of bioinformatics data through sequencing and metage-
nomics opens fascinating perspectives into the viral world. The emergence of genetic
variants impacts vaccine efficiency and therapeutic options, creating an urgent need
for analytical tools.
In response to this growing demand, we present two complementary tools:
— VIMVer (Viral Instant Mutation Viewer), a user-friendly web service enabling
direct identification of mutations in both viral genome and proteome. It al-
lows rapid identification and visualization of mutations at both nucleotide and
protein levels, in comparison with a reference sequence.
— VAZyMolO-2, a revival of the original VAZyMolO project, integrates modular
elements covering phylogeny, genomics, and proteomics. This platform aimes to
provide analytical tools to visualize viral protein functions from a phylogenetic
perspective, enabling analysis at the scale of an entire viral family.
These two platforms, with their intuitive interfaces and databases enriched by our
team, fill an important gap in viral genome annotation.