Soutenance de thèse de LE TARGA Lorlane
Titre de thèse
Surveillance de l'évolution des variants du SARS-CoV-2 et des virus responsables d'épidémies saisonnières dans les eaux usées par RT-PCR ciblées et par séquençage génomique
Monitoring the evolution of SARS-CoV-2 variants and seasonal outbreak viruses in wastewater by targeted RT-PCR and genomic sequencing
Résumé de la thèse
Les virus respiratoires sont parmi les principaux agents responsables de maladies humaines, ils sont une cause majeure de morbidité et de mortalité, notamment chez les populations vulnérables. La pandémie de SARS-CoV-2 a révélé les limites des systèmes de surveillance actuels, notamment en ce qui concerne le suivi génomique et la circulation de ces virus. La détection des virus respiratoires uniquement chez les personnes symptomatiques ou cas contacts, s'est avérée insuffisante pour suivre efficacement les épidémies.
Dans ce contexte, ce travail s'est intéressé à l'utilisation des eaux usées comme un moyen de surveillance des épidémies de virus respiratoires. Nous avons pu voir grâce à une revue bibliographique que les eaux usées, qu'elles proviennent des réseaux urbains ou des transports longues distance, permettent de savoir quels virus circulent, leurs concentrations et peuvent permettre d'obtenir les séquences de ces virus.
Nous avons aussi pu montrer, par la détection de SARS-CoV-2 dans les eaux usées de deux avions en provenance d'Addis-Abeba et ayant atterri à Marseille en décembre 2021, qu'il était possible de détecter le SARS-CoV-2 par qPCR et de réaliser un séquençage avec la méthode de pré-amplification ARTIC. De plus cet article a montré que les mesures sanitaires mises en place pour les voyageurs n'empêche pas la circulation du virus du SARS-CoV-2 entre les pays.
En parallèle, une attention particulière a été accordée à la surveillance génomique des virus respiratoires chez les patients, en particulier le suivi du réassortiment des virus de la grippe A/H3N2 et A/H1N1 chez les patients de 2017 à 2022. Ce suivi génomique, a pu être réalisé à l'aide du séquençage de nouvelle génération et d'un système d'amplification du génome complet de la grippe A. Cette surveillance génomique a de plus permis de répondre directement à une alerte sur l'apparition de potentiels cas de grippe non détectés par des systèmes de détection commercialisés.
Cette thèse montre l'importance de la surveillance des virus respiratoires à grande échelle à l'aide de nouvelles matrices de surveillance et du séquençage à grande échelle.
Thesis resume
Respiratory viruses are among the main agents responsible for human diseases; they are a major cause of morbidity and mortality, particularly among vulnerable populations. The SARS-CoV-2 pandemic has highlighted the limitations of current surveillance systems, especially concerning genomic tracking and monitoring of these viruses. Detecting respiratory viruses only in symptomatic individuals or contact cases has proven insufficient for effectively tracking epidemics.
In this context, this work focuses on the use of wastewater as a means of monitoring respiratory virus epidemics. A literature review showed that wastewater, whether from urban networks or long-distance transportation, allows us to determine which viruses are circulating, their concentrations, and to obtain viral sequences.
We also demonstrated through the detection of SARS-CoV-2 in wastewater from two planes arriving from Addis Ababa and landing in Marseille in December 2021 that it is possible to detect SARS-CoV-2 by qPCR and conduct sequencing using the ARTIC pre-amplification method. Additionally, this study showed that the health measures in place for travelers do not prevent the circulation of SARS-CoV-2 between countries.
Simultaneously, special attention was given to the genomic surveillance of respiratory viruses in patients, particularly the tracking of reassortment of influenza A/H3N2 and A/H1N1 viruses in patients from 2017 to 2022. This genomic tracking was achieved using next-generation sequencing and a system for amplifying the full genome of influenza A. Moreover, this genomic surveillance enabled a direct response to an alert concerning potential cases of influenza not detected by commercial detection systems.
This thesis demonstrates the importance of large-scale respiratory virus surveillance using new monitoring matrices and large-scale sequencing.