Ecole Doctorale
Sciences de la Vie et de la Santé
Spécialité
Biologie-Santé - Spécialité Biochimie structurale
Etablissement
Aix-Marseille Université
Mots Clés
lactonases,quorum sensing,biofilm bactérien,quorum quenching,
Keywords
lactonases,quorum sensing,bacterial biofilms,quorum quenching,
Titre de thèse
Étude, caractérisation et ingénierie de lactonases pour l'inhibition de la virulence et des biofilms bacteriens
Study, characterization and engineering of lactonases for inhibiting the virulence of the bacterial biofilms
Date
Jeudi 28 Juin 2018
Adresse
Faculté de Médecine - Timone
27, boulevard Jean Moulin
13385 Marseille cedex 5 A determiner
Jury
Directeur de these |
M. Eric CHABRIERE |
Aix-Marseille Université |
Rapporteur |
Mme Claudine MAYER |
Université Paris Diderot - Paris 7 |
Rapporteur |
M. Benoit GUILLOT |
Université de Lorraine |
Examinateur |
M. David PIGNOL |
CEA-CNRS-AMU |
Examinateur |
M. Goetz PARSIEGLA |
UMR 7281 CNRS and Aix-Marseille Université |
CoDirecteur de these |
M. Mikael ELIAS |
University of Minnesota |
Résumé de la thèse
Certains microorganismes sont capables de communiquer en utilisant de petites molécules et dutiliser ce système pour réguler des comportements en fonction de la densité cellulaire. Ce système de communication, appelé quorum sensing (QS), régule des comportements bactériens divers, tels que la virulence et la formation de biofilm. Les molécules signal les plus étudiées sont les acyle-homosérine lactones (AHLs). Les enzymes qui sont naturellement capables de dégrader ces molécules peuvent couper la communication bactérienne, et se comportent ainsi comme des inhibiteurs de virulence et de biofilm. Ce phénomène, appelé quorum quenching (QQ), est une approche prometteuse pour le contrôle bactérien sans les tuer, ainsi que pour le développement de nouvelles thérapies contre les bactéries résistantes aux antibiotiques. Les travaux menés durant ma thèse ont permis disoler et de caractériser biochimiquement, enzymatiquement et structuralement de nouvelles lactonases provenant dorganismes thermophiles, et capables dinhiber le QS. Jai résolu les structures de trois lactonases, dont deux provenant de familles distinctes, et en complexe avec différents types de lactones. Ces données ont révélées lextrême polyvalence des sites actifs de ces enzymes, et ont permis didentifier les résidus potentiellement impliqués dans la spécificité de substrat de ces enzymes. Ces résultats, en combinaison avec les structures obtenues de mutants aux activités catalytiques augmentées, serviront de bases aux futurs projets dingénierie visant à changer la spécificité de ces enzymes. Enfin, mes travaux de caractérisation sur ces lactonases très stables ont permis de les utiliser hors du laboratoire et de démontrer limportance de la signalisation bactérienne dans des processus biologiques complexes tels que la formation de biofilm et la bio-corrosion.
Thesis resume
Numerous microorganisms are able to communicate using small molecules and use this signaling system to coordinate behaviors in a cell-density-dependent manner. This communication system, dubbed quorum sensing (QS), regulates bacterial behaviors such as biofilm formation and virulence. The most popular system utilizes acyl homoserine lactones (AHLs) as signals. Enzymes that can degrade these signaling molecules can effectively disrupt bacterial signaling, and thereby behave as potent biofilm and virulence inhibitors. Therefore, the inhibition of QS, termed quorum quenching (QQ) by these enzymes is a promising approach to control microbes without killing them and develop new therapies on multidrugs resistant strains. During this thesis, I have isolated and characterized biochemically, enzymatically and structurally novel lactonases from thermophilic sources. I have determined the structures of three lactonases, two of which from distinct family and in complex with different types of lactones. This enabled me to elucidate their catalytic mechanisms, as well as the unique binding modes of structurally different lactones. These data revealed the extreme catalytic versatility of the active sites of these enzymes, and allowed for the determination of residues possibly involved in substrate specificity. These data, in combination with structural data obtained on improved lactonase mutants, will serve as a foundation to guide future engineering studies aiming at altering lactonases specificity. Lastly, isolation and characterization work on these thermostable lactonases allowed to demonstrate the importance of bacterial signaling in complex biological processes, in the field, including biofilm formation and biocorrosion.