Monsieur Olivier CHABROL / docteur

Coordonnées
Doctorat
Intitulé : INFORMATIQUE
1ère inscription en thèse : Décembre 2013
École doctorale : Mathématiques et Informatique de Marseille
Date de soutenance de la thèse : 14 Décembre 2017
Sujet : Modèles et Algorithmes pour l’évolution biologique.
Directeur de thèse : GILLES DIDIER
Co-directeur : PIERRE PONTAROTTI
Unité de recherche : I2M - Institut de Mathématiques de Marseille
Intitulé de l'équipe : Analyse appliquée

Master
Intitulé : Informatique
Juin 2002 - Université de méditerranée
Détails de
la soutenance
Langues vivantes
Anglais : C1 - Avancé
Espagnol : B1 - Intermédiaire
Français : C2 - Maternel
Production scientifique
  • Pithovirus sibericum, a new bona fide member of the “Fourth TRUC” club
    Frontiers in Microbiology 2015
    Vikas Sharma, Philippe Colson, Olivier Chabrol, Pierre Pontarotti, Didier Raoult
    http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2015.00722/abstract
  • Welcome to pandoraviruses at the 'Fourth TRUC’ club
    Frontiers in Microbiology 2015
    Sharma V, Colson P, Chabrol O, Scheid P, Pontarotti P and Raoult
    http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2015.00423/abstract
  • The red coral (Corallium rubrum) transcriptome: a new resource for population genetics and local adaptation studies
    Mol Ecol Resour 2015
    Pratlong M, Haguenauer A, Chabrol O, Klopp C, Pontarotti P, Aurelle D.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25648864
  • Mycobacteriophage-drived diversification of Mycobacterium abscessus
    Biology direct 2014
    Sassi M, Gouret P, Chabrol O, Pontarotti P, Drancourt M.
  • The genome of the white-rot fungus Pycnoporus cinnabarinus : a new basidiomycete model with a versatile arsenal for lignin deconstruction
    BMC Genomics 2014
    Levasseur A., Lomascolo A., Chabrol O., J Ruiz-Duenas F., Uzan E., Piumi F., Kues U., FJ Ram A., Murat C., Haon M., Benoit I., Arfi Y., Chevret D., Drula E., Kwon M-J, Gouret P., Lesage-Meesen L., Lombard V., Mariette J., Noirot C., Park J., Patyshakuliyeva A., Sigoillot J-C., Ab Wieneger R., AB Wosten H., Martin F., Coutinho P. M., de Vries R. P., Martinez A. T., Klopp C., Pontarotti P., Henrissat B. and Record E.
    www.biomedcentral.com/1471-2164/15/486/abstract
  • To tree or not to tree? Genome-wide quantification of recombination and reticulate evolution during the diversification of strict intracellular bacteria
    Genome Biology and Evolution 2013
    Antonio Hernandez-Lopez, Olivier Chabrol, Manuela Royer-Carenzi, Vicky Merhej, Pierre Pontarotti and Didier Raoult
  • Genomic evidence for ameiotic evolution in the bdelloid rotifer Adineta vaga
    Nature 2013
    Jean-François Flot, Boris Hespeels, Xiang Li, Benjamin Noel, Irina Arkhipova, Etienne G. J. Danchin, Andreas Hejnol, Bernard Henrissat, Romain Koszul, Jean-Marc Aury, Valérie Barbe, Roxane-Marie Barthélémy, Jens Bast, Georgii A. Bazykin, Olivier Chabrol, Arnaud Couloux, Martine Da Rocha, Corinne Da Silva, Eugene Gladyshev, Philippe Gouret, Oskar Hallatschek, Bette Hecox-Lea, Karine Labadie, Benjamin Lejeune, Oliver Piskurek, Julie Poulain, Fernando Rodriguez, Joseph F. Ryan, Olga A. Vakhrusheva, Eric Wajnberg, Bénédicte Wirth, Irina Yushenova, Manolis Kellis, Alexey S. Kondrashov, David B. Mark Welch, Pierre Pontarotti, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Olivier Jaillon & Karine Van Doninck
    http://www.nature.com/nature/journal/v500/n7463/full/nature12326.html
  • An automated approach for the identification of horizontal gene transfers from complete genomes reveals the rhizome of Rickettsiales
    BMC Evolutionary Biology 2012
    Le P., Hemalatha G. R., Guijarro L., Paganini J., Gouret P., Chabrol O., Raoult D. and Pontarotti P.
    http://www.biomedcentral.com/1471-2148/12/243
  • Oocyte-somatic cells interactions, lessons from evolution
    BMC Genomics 2012
    Charlier C. , Montfort J., Chabrol O., Brisard D. , Nguyen T. , Le Cam A. , Richard-Parpaillon L., Moreews F. , Pontarotti P., Uzbekova S., Chesnel F. and Bobe J.
    http://www.biomedcentral.com/1471-2164/13/560
  • FunGene-DB: a web-based tool for Polyporales strains authentication
    J Biotechnol 2012
    Navarro D., Fave A., Chabrol O., Pontarotti P., Haona M. and Lesage-Meessen L.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=FunGene-DB:%20a%20web-based%20tool%20for%20Polyporales%20strains%20authentication.
  • Amphioxus FGF signaling predicts the acquisition of vertebrate morphological traits
    PNAS 2011
    Bertrand S., Camasses A., Ildiko M. L. S., Belgacem MR., Chabrol O., Escande ML., Pontarotti P., Escriva H.
    http://sites.univ-provence.fr/evol/images/stories/articles/pnas201014235_knmnix-1.pdf
  • Compound Poisson approximation and testing for gene clusters with multigene families
    Journal of computational biology 2011
    Grusea S., Pardoux E., Chabrol O., Pontarotti P.
    http://www.liebertonline.com/doi/abs/10.1089/cmb.2010.0043
  • C.A.S.S.I.O.P.E. : A expert system for conserved regions searches.
    BMC Bioinformatics 2009
    Lopez-Rascol V., Levasseur A., Chabrol O., Gruseas S., Gouret P., Etienne G., Danchin J., Pontarotti P.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19740451