Soutenance de thèse de MILLET WALLISKY Ewa


Titre de thèse

Intérêts des biomarqueurs du liquide céphalorachidien caractérisés en cytométrie en flux pour la prise en charge des patients atteints des pathologies du système nerveux central.

The interest of cerebrospinal fluid biomarkers characterised by flow cytometry in the management of patients suffering from central nervous system pathologies.

Date

23 octobre 2025 à 14h00

Adresse

Faculté des Sciences Médicales et Paramédicales secteur Timone (Aix-Marseille Université) 27 Bd Jean Moulin, 13385 Marseille, Salle de visioconférence aile bleue rez-de-chaussée

Ecole doctorale

Recherches Biomédicales

Specialité

RECHERCHES BIOMEDICALES Neurologie, imagerie et santé mentale

Etablissement

Aix-Marseille Université

Mots clés

Cyotométrie en flux,Biomarqueurs,Liquide céphalorachidien,Vésicules extracellulaires,Maladies du système nerveux central,

Keywords

Flow cytometry,Biomarkers,Cerebrospinal fluid,Extracellular vesicles,Central nervous system pathologies,

Jury

Jury de thèse
Qualité Nom Etablissement
Maître de conférences - praticien hospitalier M. BOUCRAUT José AMU - Institut des neurosciences des système UMR1106
Directeur de recherche M. DOROTHEE Guillaume Centre de Recherche Saint-Antoine - Hôpital Saint-Antoine - Inserm UMR 938
Professeure des universités - praticienne hospitalière Mme ZéPHIR Hélène Université/CHU de Lille - Inserm UMR-S 1172
Professeur des universités - praticien hospitalier M. LACROIX Romaric AMU - C2VN

Résumé de la thèse

La cytométrie en flux (CMF) permet l'analyse multiparamétrique de particules d'origine cellulaire ou synthétiques. Elle est utilisée pour des analyses phénotypiques et fonctionnelles. Le liquide céphalo-rachidien (LCR) est un liquide biologique produit par les plexus choroïdes et le liquide interstitiel, libéré par les cellules neurales. Il contient (1) des cellules immunes recrutées au niveau des plexus choroïdes qui participent à l'immuno-surveillance et au maintien de l'homéostasie tissulaire et (2) des vésicules extracellulaires (VEs) libérées par les cellules neurales et du LCR, drainées dans le LCR et dans le sang par voie lymphatique.
La CMF est utilisée en routine hospitalière pour la détection dans le LCR de cellules lymphomateuses. L'analyse des cellules immunes du LCR est encore peu utilisée en routine pour les autres pathologies du système nerveux central (SNC). Le LCR contient en effet peu de cellules et doit être traité rapidement après la ponction lombaire. Nous avons développé un protocole de marquage avec différents panels séchés d'anticorps marqués, en un temps, rapide, sans centrifugation ni étapes de lavage. Ce protocole limite les biais pré-analytiques et analytiques, et la perte d'information notamment concernant les cellules myéloïdes. Ce protocole inclut une fixation faible qui permet la conservation du marquage cellulaire sur trois jours, le rendant applicable au lit du patient et aux études multicentriques.
J'ai ensuite appliqué ce protocole avec trois panels d'anticorps sur 650 échantillons de LCR de patients souffrant de différentes pathologies du système nerveux. J'ai principalement analysé l'apport potentiel des données obtenues en les combinant avec d'autres biomarqueurs solubles applicables en routine dans deux domaines médicaux, la Sclérose en Plaques (SEP) et les maladies neurodégénératives dont la maladie d'Alzheimer (MA). L'analyse des biomarqueurs du LCR est majeure pour le diagnostic et l'évaluation pronostique de la SEP. Elle porte sur les différents marqueurs de synthèse intrathécale (SIT) d'immunoglobulines. L'augmentation des cellules B et des plasmablastes observée est cependant accrue lorsque la ponction lombaire est réalisée à proximité d'une poussée clinique. Enfin, en fonction du profil de SIT, les marqueurs cellulaires prédictifs d'évolution sévère sont positivement corrélés avec une SIT IgM et les chaines légères libre Kappa, mais pas les lambda. Dans le cadre des maladies neurodégénératives, c'est notamment l'analyse des monocytes qui représentent un intérêt. L'expression d'un marqueur de signature IFN de type I, le CD169, et de CD54 est plus importante dans les formes à début précoces de la MA. L'analyse combinée des cellules du LCR avec d'autres biomarqueurs permet de décrire une stratification biologique de la cohorte MA. Dans le cadre de la médecine personnalisée ciblant la neuro-inflammation, il serait intéressant d'observer l'évolution de la maladie pour déterminer s'il est possible d'associer ces profils à des évolutions différents de la maladie.
L'analyse directe des VEs nanométriques dans le LCR est possible en CMF avec le Cytoflex (Beckman Coulter Immunotech). L'accès très récent au Cytoflex nano m'a permis d'illustrer la présence de différentes nanoparticules portant des marqueurs immunologiques. Cependant, au stade du développement technologique, les informations obtenues sont limitées par comparaison avec celles obtenues par analyse en CMF après capture des VEs sur des billes fluorescentes analysables sur des cytomètres classiques. L'analyse des VEs est majoritairement le reflet des modifications des cellules neurales que des cellules immunes du LCR. L'avantage de l'analyse des VEs est représenté par la possibilité de réaliser des analyses rétrospectives avec des LCR centrifugées et conservés à -80°C contrairement aux cellules qui doivent être analysées directement après le prélèvement.


Thesis resume

Flow cytometry (FCM) enables multiparametric analysis of cellular or synthetic particles. It is used for phenotypic and functional analysis. Cerebrospinal fluid (CSF) is a biological fluid produced by the choroid plexuses and interstitial fluid released by neural cells. It contains (1) immune cells recruited at the choroid plexuses, which participate in immune-monitoring and tissue homeostasis maintenance, and (2) extracellular vesicles (EVs) released by neural and CSF cells which drain into the CSF and the blood through lymphatic circulation.
CMF is routinely used in hospital to detect lymphoma cells in CSF. CSF immune cells analysis is not yet widely used for other central nervous system (CNS) pathologies. CSF contains few cells and must be rapidly processed after lumbar puncture (LP). We have developed a staining protocol using different panels of labelled antibodies in one-step without centrifugation or washing steps. This protocol limits pre-analytical and analytical bias and loss of information, particularly concerning myeloid cells. The protocol includes a low fixation level, enabling cell labelling to be preserved for up to three days, making it suitable for use at the patient's bedside and for multicenter studies.
I then applied this protocol with three antibody panels to 650 CSF samples from patients suffering from various nervous system pathologies. I mainly analysed the potential contribution of the data obtained by combining them with other soluble biomarkers that can be applied routinely in two medical fields, multiple sclerosis (MS) and neurodegenerative diseases, including Alzheimer's disease (AD). The analysis of CSF biomarkers is of major importance for the diagnosis and prognostic evaluation of MS. It focuses on the various markers of immunoglobuline intrathecal synthesis (IIS). However, the increase in B cells and plasmablasts observed is greater when the lumbar puncture is performed close to a clinical relapse. Finally, depending on the IIS profile, the cellular markers predictive of severe disease are positively correlated with IgM SIT and Kappa free light chains, but not lambda. In the context of neurodegenerative diseases, the analysis of monocytes is of particular interest. CD169, a type I IFN signature marker, and CD54 expressions is higher in early-onset forms of AD. Combined analysis of CSF cells with other biomarkers makes it possible to describe a biological stratification of the AD cohort. In the context of personalised medicine targeting neuroinflammation, it would be interesting to observe the course of the disease to determine whether it is possible to associate these profiles with different courses of the disease.
Direct analysis of nanometric EVs in CSF is possible in CMF with the Cytoflex (Beckman Coulter Immunotech). Very recent access to the Cytoflex nano has enabled me to illustrate the presence of various nanoparticles carrying immunological markers. However, at this stage of technological development, the information obtained is limited by comparison with that obtained by CMF analysis after capture of EVs on fluorescent beads analysable on conventional cytometers. EV analysis reflects changes in neural cells more than in CSF immune cells. The advantage of EV analysis is that it allows retrospective analysis of centrifuged CSF stored at -80°C, as opposed to cells, which must be analysed directly after collection.