Soutenance de thèse de Nicolas DUFLOT

Les fibroses anormales sont responsables de plus de 40% des décès pour raison médicale ; elles se développent suite à une inflammation chronique et causent souvent une perte de fonction de l’organe affecté. Les fibroses hépatiques causées par les schistosomes et par le virus HCV sont en grande partie déterminées par la génétique du malade. Notre thèse a consisté à poursuivre le travail de caractérisation du déterminisme génétique des fibroses hépatiques et cutanées afin de contribuer à la mise au point de tests prédictifs des fibroses sévères. La première partie de notre thèse, est l’étude informatique et statistique des données de génotypage GWAS de Brésiliens qui présentent une fibrose hépatique bilharzienne grave sur plus de 2,5 millions de SNPs. 180 SNPs qui montraient une association suggestive avec les fibroses graves ont été sélectionnés, dont certains affectent les gènes des voies Wnt. Ces SNPs ont été testés sur une cohorte de 460 pêcheurs ougandais exposés à S.mansoni et nous avons confirmé l’association avec la fibrose de 4 SNPs. La deuxième partie de notre thèse est l’analyse génomique (transcriptome et génétique) des mécanismes responsables des fibroses anormales de la peau de sujets affectés par des fibroses chéloïdes. Nous avons effectué une analyse différentielle d’expression par séquençage RNASeq entre 20 tissus chéloïdes, 7 tissus sains et 7 tissus affectés par des cicatrices hypertrophiques. Cette analyse montre que le développement des chéloïdes est la conséquence d’une stimulation anormale des voies de la cicatrisation. Notre étude suggèrent que cette forte stimulation cicatricielle est en partie due à l’activation de la voie Wnt βcatenin et Wnt PCP. Pour conforter cette proposition, nous avons effectué une analyse génétique de la voie Wnt dans deux cohortes indépendantes. L’analyse statistique montre que des SNPs dans 6 gènes de la voie Wnt βcatenin contribuent au développement des fibroses chéloïdes. L’ensemble de ces résultats est utilisé pour améliorer les tests génétiques développés par notre groupe Bilhi Genetics dans le but de prédire les cicatrisations cutanées anormales et les fibroses sévères du foie.

Abnormal fibrosis is responsible for more than 40% of medical deaths. They develop as a result of chronic inflammation and often cause a loss of function of the affected organ. Hepatic fibroses caused by schistosomes and HCV virus are largely determined by the genetic background of the patient. Our thesis consisted of continuing the work of characterizing the genetic determinism of liver and skin fibrosis in order to contribute to the development of predictive tests for severe fibrosis. The first part of our thesis is the computer and statistical study of GWAS genotyping data of Brazilians who have severe bilharzeal liver fibrosis on more than 2.5 million SNPs. 180 SNPs that showed suggestive association with severe fibrosis were selected, some of which affect the Wnt pathway. These SNPs were then tested on a cohort of 460 Ugandan fishers exposed to S.mansoni and the results confirmed the association of 4 SNPs with fibrosis. The second part of our thesis is the genomic analysis (transcriptome and genetics) of the mechanisms responsible for the abnormal skin fibrosis with subjects affected by keloid scars. We performed an analysis of genes (RNASeq) expressed differently between 20 keloids, 7 healthy tissues and 7 tissues affected by hypertrophic scars. This analysis shows that the development of keloids is the consequence of an abnormal stimulation of cicatrization pathways with strong activation of the Wnt βcatenin and Wnt PCP pathway. To support this proposal, we performed a genetic analysis of the Wnt pathway in two independant cohorts. The statistical analysis of the results shows that polymorphisms in 6 genes of the Wnt βcatenin pathway contribute to the development of keloid fibrosis. All of these results are used to improve the genetic tests developed by our group Bilhi Genetics in order to predict abnormal skin scarring and severe fibrosis of the liver.