Ecole Doctorale

Sciences de la Vie et de la Santé

Spécialité

Biologie-Santé - Spécialité Microbiologie

Etablissement

Aix-Marseille Université

Mots Clés

champignons filamenteux,enzymes,polysaccharides complexess,alimentation animale,analyses biochimiques,biotechnologie

Keywords

Filamentous fungus,enzymes,complex polysaccharides,animal feed,biochemistry,biotechnology

Titre de thèse

Etude de sécrétomes fongiques pour optimiser la dégradation enzymatique de matières premières végétales
Study of fungal secretomes to optimize the enzymatic degradation of plant materials

Date

Jeudi 24 Juin 2021

Adresse

Parc scientifique et technologique de Luminy, 163 Avenue de Luminy, 13009 Marseille Salle de réunion BBF

Jury

Directeur de these M. Jean-Guy BERRIN INRAE BBF Marseille
Examinateur Mme Emilie RECOULES INRAE Nouzilly Centre Val de Loire
Examinateur Mme Virginie NEUGNOT-ROUX Adisseo, CINABio
Examinateur M. Mickael LAFOND Aix Marseille Université
Examinateur M. Pedro MALDONADO COUTINHO Aix Marseille Université
Rapporteur Mme Claire DUMON INRAE, TBI Toulouse
Rapporteur Mme Caroline RéMOND UMR FARE, INRAE

Résumé de la thèse

Face à une population mondiale croissante, nourrir la planète avec une alimentation saine, durable et abordable est un des enjeux des années à venir. Leader mondial dans la production d’additifs et de solutions nutritionnelles pour l’alimentation animale, Adisseo a pour objectif de favoriser la croissance de l’animal tout en veillant à son bien-être et au développement durable. Adisseo développe les cocktails enzymatiques Rovabio®, capables d’améliorer la digestibilité des aliments chez les monogastriques. L’objectif de cette thèse était d’identifier, au sein de la biodiversité fongique, des enzymes capables de supplémenter le cocktail Rovabio Advance® pour améliorer la solubilisation du tourteau de soja, co-produit riche en protéines. Un criblage de 50 souches de la collection de champignons filamenteux CIRM-CF a permis d’identifier une souche d’Aspergillus terreus qui secrète des enzymes capables de supplémenter efficacement le cocktail industriel. L’analyse comparative des secretomes fongiques a ensuite permis de révéler un intérêt pour les enzymes actives sur la pectine. Quatre enzymes d’Aspergillus, appartenant aux familles CE5, GH95, GH146 et PL26 ont été sélectionnées, produites en système hétérologue et caractérisées. La supplémentation du sécrétome d’A. terreus avec les enzymes sélectionnées a permis une meilleure solubilisation des protéines et des polysaccharides du tourteau de soja. En parallèle, le sécrétome d’A. terreus produit en bioréacteur a maintenu sa capacité à supplémenter le Rovabio®, ce qui pourrait permettre d’envisager une application à l’échelle industrielle de ces travaux.

Thesis resume

With the growing world population, feeding the planet with healthy, sustainable and affordable food is one of the challenges of the next decade. As a world leader in the production of additives and nutritional solutions for animal feed, Adisseo's objectives are to promote animal growth while ensuring animal welfare and sustainable development. Adisseo develops Rovabio® enzymatic cocktails, able to improve the digestibility of feed in monogastric animals. The objective of this thesis was to identify, within the fungal biodiversity, enzymes capable of supplementing the Rovabio Advance® cocktail to improve the solubilization of soybean meal, a protein-rich co-product. A screening of 50 strains from the CIRM-CF filamentous fungi collection allowed the identification of an Aspergillus terreus strain that secretes enzymes able to supplement the industrial cocktail. Comparative analyses of fungal secretomes then revealed an interest in pectin-degrading enzymes. Four Aspergillus enzymes, belonging to the CE5, GH95, GH146 and PL26 families were selected, produced heterologously and characterized. The supplementation of the A. terreus secretome with the selected enzymes allowed a better solubilization of proteins and polysaccharides from soybean meal. In parallel, the A. terreus secretome produced in bioreactor retained its capacity to supplement Rovabio®, which could allow to consider an industrial scale application of this work.