Soutenance de thèse de VO Huynh Ngoc Tram

Résumé de la thèse

La résistance aux antimicrobiens constitue aujourd'hui un défi majeur de santé publique à l'échelle mondiale. La dissémination des gènes de résistance est fortement liée à la présence d‘éléments
génétiques mobiles (MGEs), tels que les plasmides et les transposons. Ces vecteurs génétiques
favorisent le transfert horizontal des gènes de résistance, même entre des bactéries phylogénétiquement
très divergentes et leur propagation dans divers environnements, contribuant ainsi à l'expansion globale du phénomène. L'objectif de cette thèse était d'étudier les mécanismes d'acquisition, de dissémination et de stabilisation des gènes de résistance, en mettant particulièrement l'accent sur le rôle des MGEs chez les
bactéries. L'approche consiste en une analyse in silico à grande échelle des génomes bactériens, combinant l'annotation fonctionnelle, la détection des gènes de résistance et des MGEs, ainsi que la
génomique comparative.
Dans un premier temps, nous avons effectué une revue de la littérature sur les connaissances actuelles concernant les MGEs impliqués dans la résistance à la vancomycine, en soulignant le rôle
central des plasmides et des transposons dans la propagation mondiale des opérons van. Ensuite, nous
avons étudié l'acquisition de l'opéron vanA chez Staphylococcus aureus et Enterococcus spp.,
démontrant que l'intégration chromosomique de l'opéron vanA, médiée par la recombinaison homologue ou par des éléments d'insertion, correspond à un événement fréquemment observé et
conservé au cours de l'évolution. L'analyse de la résistance chez les bactéries Gram négatives a permis l'identification d'un nouveau transposon composite, le Tn7722, porteur du gène blaNDM-1 ainsi que
d'autres gènes de résistance. Ce transposon illustre l'aptitude de ces MGEs à former des structures génétiques intrinsèquement hautement mobiles, surpassant les plasmides en matière de mobilité
horizontale et de stabilité s'ils s'intègrent dans le chromosome. Enfin, la caractérisation des gènes mfmAB suggère que les bactéries seraient impliquées dans la dégradation de la metformine, un médicament largement utilisé en thérapie antidiabétique. La localisation de ces gènes au sein d'éléments transposables, pouvant être impliqués dans la résistance aux antibiotiques, met en évidence la convergence entre la résistance antimicrobienne et le métabolisme de polluants pharmaceutiques, soutenant ainsi la proposition du concept de “PharmacoMicrobioResistance”.
Dans l'ensemble, ces travaux montrent que les MGEs sont des vecteurs de transfert essentiels pouvant assurer la stabilité des gènes de résistance aux antimicrobiens dans les populations bactériennes. Ils facilitent la propagation des gènes de résistance dans les hôpitaux, chez les animaux et dans les environnements naturels, soulignant, dans une perspective One Health, l'importance d'étudier et de
surveiller les MGEs et leurs réservoirs environnementaux pour contrôler la diffusion des résistances.
Nous avons montré que les MGEs peuvent favoriser simultanément la résistance aux antibiotiques et la tolérance aux polluants pharmaceutiques, soulignant l'importance de considérer toutes les pressions
sélectives, y compris non antibiotiques, pour gérer efficacement le résistome.