Soutenance de thèse de BOURZEIX Marie


Titre de thèse

Modulation des neurones striataux par la lumière et exploration de l'hétérogénéité fonctionnelle et moléculaire des interneurones cholinergiques du striatum.

Light-modulation of striatal neurons and exploration of the functional and molecular heterogeneity of striatal cholinergic interneurons.

Date

19 November 2025 à 14h00

Adresse

CERIMED Faculté de Médecine 27, boulevard Jean Moulin 13005 Marseille – France, Salle Gastaut INT

Ecole doctorale

Sciences du Vivant

Specialité

SCIENCES DU VIVANT Neurosciences

Etablissement

Aix-Marseille Université

Mots clés

Interneurones Cholinergiques,Striatum,microARNs,Hétérogénéité,Optogénétique,

Keywords

Striatum,Cholinergic Interneurons,microRNAs,Heterogeneity,Optogenetics,

Jury

Jury de thèse
Qualité Nom Etablissement
Chargé de recherche Mme BEURRIER Corinne Institut de Neurosciences de la Timone - Aix Marseille Université
Directeur de recherche M. VALJENT Emmanuel Institut des Neurosciences de Montpellier, Université de Montpellier
Directrice de recherche Mme MARIE Hélène Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire, Université Côte D'Azur
Professeur des universités M. WANAVERBECQ Nicolas Institut de Neurosciences de la Timone, Aix Marseille Université

Résumé de la thèse

Cette thèse de doctorat s'articule autour de deux projets complémentaires, tous deux destinés à approfondir notre compréhension de la neurophysiologie striatale. Le premier projet étudie les effets non spécifiques de l'exposition à la lumière dans les protocoles optogénétiques, en se concentrant particulièrement sur les neurones à épines moyennes (MSN) du striatum, ainsi que sur d'autres types de neurones, notamment les cellules mitrales (MC) du bulbe olfactif (OB), les neurones pyramidaux corticaux, les cellules granuleuses dentées de l'hippocampe et les interneurones à stimulation rapide. Alors que l'optogénétique a fait progresser les neurosciences en permettant une modulation précise et spécifique à un type de cellule de l'activité neuronale, de nouvelles preuves indiquent que la lumière elle-même - indépendamment de l'expression de l'opsine - peut influencer l'excitabilité neuronale. Ces effets, potentiellement médiés par des modifications thermiques, des chromophores endogènes ou des voies metaboliques liées au stress, soulèvent d'importantes questions quant à l'interprétation des données optogénétiques. En collaboration avec l'équipe de Nicola Kuczewski au Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, ce travail a contribué à une caractérisation systématique de la façon dont la lumière bleue discontinue à un photon (470 nm), couramment utilisée dans la stimulation optogénétique, peut affecter les neurones naïfs. Une série de protocoles de stimulation ont été évalués afin d'identifier les paramètres qui minimisent ces effets non spécifiques, améliorant ainsi l'interprétabilité et la robustesse méthodologique des expériences d'optogénétique.
Le second projet est centré sur les interneurones cholinergiques striataux (ChIN), une petite population neuronale fonctionnellement essentielle qui constitue la principale source d'acétylcholine (ACh) dans le striatum. Malgré leur faible abondance (1 à 2 % des neurones striataux), les ChIN exercent une influence considérable grâce à une arborisation dense et à une connectivité étendue avec les MSNs. Considérés historiquement comme une population homogène, des études récentes suggèrent que les ChINs présentent une hétérogénéité fonctionnelle et moléculaire, même au sein du striatum dorsal. Cette thèse explore l'hypothèse selon laquelle les ChINs comprennent des sous-types moléculaires distincts avec des profils fonctionnels uniques. En utilisant une approche intégrative qui comprend des enregistrements de patch-clamp de cellules entières, la RT-qPCR sur cellules uniques, le tri de noyaux activés par fluorescence, et le séquençage d'ARN de noyaux uniques (sn-RNAseq), le travail vise à disséquer la relation entre l'expression des gènes et le phénotype neuronal. En particulier, le rôle régulateur des microARNs (miARNs) dans le façonnement de la diversité des ChINs est abordé par une première étude du miR-124 et de son impact sur la composition des sous-unités du récepteur α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA) et sur la transmission synaptique. Bien que préliminaire, le profilage transcriptomique révèle plusieurs groupes de ChIN distincts sur le plan moléculaire, contribuant à la construction d'un atlas moléculaire plus détaillé de cette population d'interneurones.
Ensemble, ces deux lignes de recherche offrent à la fois une contribution méthodologique à l'affinement des approches optogénétiques et une avancée conceptuelle dans notre compréhension de l'hétérogénéité des ChINs. En établissant un lien entre l'identité moléculaire et la fonction neuronale, ce travail fournit un cadre pour l'exploration des divers rôles des ChIN dans les circuits striataux et leur pertinence potentielle dans des contextes physiologiques et pathologiques.


Thesis resume

This doctoral thesis is organized around two complementary projects; both aimed at deepening our understanding of striatal neurophysiology. The first project investigates the non-specific effects of light exposure in optogenetic protocols, with a particular focus on MSNs of the striatum, as well as other neuronal types including MCs in the OB, cortical pyramidal neurons, hippocampal dentate granule cells, and fast-spiking interneurons. While optogenetics has advanced neuroscience by enabling precise, cell-type-specific modulation of neural activity, emerging evidence indicates that light itself – independent of opsin expression – can influence neuronal excitability. These effects, potentially mediated by thermal shifts, endogenous chromophores, or stress-related pathways, raise important concerns regarding the interpretation of optogenetic data. In collaboration with Nicola Kuczewski's team at the Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, this work contributed to a systematic characterization of how discontinuous one-photon blue light (470 nm), commonly used in optogenetic stimulation, can affect naïve neurons. A range of stimulation protocols were assessed to identify parameters that minimize these non-specific effects, thereby enhancing the interpretability and methodological robustness of optogenetic experiments.
The second project centers on striatal ChINs, a sparse but functionally pivotal neuronal population that provides the primary source of ACh within the striatum. Despite their low abundance (1–2% of striatal neurons), ChINs exert widespread influence through dense axonal arborization and extensive connectivity with MSNs. Historically viewed as a homogeneous population, recent studies suggest that ChINs exhibit functional and molecular heterogeneity, even within the dorsal striatum. This thesis explores the hypothesis that ChINs comprise distinct molecular subtypes with unique functional profiles. Using an integrative approach that includes whole-cell patch-clamp recordings, single-cell RT-qPCR, fluorescence-activated nuclei sorting, and sn-RNAseq, the work aims to dissect the relationship between gene expression and neuronal phenotype. In particular, the regulatory role of miRNAs in shaping ChIN diversity is addressed through an initial investigation of miR-124 and its impact on AMPA receptor subunit composition and synaptic transmission. While preliminary, transcriptomic profiling reveals several molecularly distinct ChIN clusters, contributing to the construction of a more detailed molecular atlas of this interneuron population.
Together, these two lines of research offer both a methodological contribution to the refinement of optogenetic approaches and a conceptual advancement in our understanding of ChIN heterogeneity. By bridging molecular identity and neuronal function, this work provides a framework for exploring the diverse roles of ChINs in striatal circuitry and their potential relevance in both physiological and pathological contexts.