Soutenance de thèse de KUMAKAMBA Charles

Résumé de la thèse

Les maladies infectieuses émergentes sont en grande partie liées à des agents zoonotiques circulant à l'interface homme-animal-environnement. Plusieurs groupes animaux, notamment les chauves-souris et les rongeurs, sont largement reconnus comme des réservoirs majeurs de ces agents, en raison de leur diversité et de leur écologie. Dans ce contexte, les primates non humains (PNH), du fait de leur proximité phylogénétique avec l'homme et de leur position dans les écosystèmes forestiers, constituent des hôtes pertinents pour l'étude de ces dynamiques, bien que leur rôle exact demeure insuffisamment caractérisé en milieu naturel, notamment en raison des contraintes liées à leur échantillonnage.
Cette étude vise à analyser la circulation des agents infectieux chez des PNH en milieu forestier tropical, en République Démocratique du Congo (RDC), selon une approche intégrée combinant méthodes non invasives, détection moléculaire et sérologie fécale.
Une étude transversale a été menée dans la réserve forestière de Mabali, située dans la province de l'Équateur (RDC). Au total, 630 échantillons fécaux de PNH ont été collectés de manière non invasive, ainsi que 221 échantillons de selles humaines et 168 échantillons de sang humain sur papier buvard (DBS). Les analyses ont combiné extraction ADN/ARN, qPCR, PCR conventionnelle, séquençage, analyses phylogénétiques, analyses microbiologiques et sérologie fécale par Western blot capillaire automatisé. L'identification des espèces de primates non humains par séquençage a mis en évidence une prédominance de Cercopithecus ascanius (62,21 %), suivie notamment de Lophocebus aterrimus. L'analyse globale montre que 28,65 % des échantillons de selles de PNH étaient positifs pour au moins un pathogène, attestant d'une circulation réelle d'agents infectieux chez les PNH. Les microorganismes détectés incluent notamment les filaires, Mycobacterium spp., les Kinetoplastidae, Salmonella spp., les adénovirus, les entérovirus, le virus de l'encéphalomyocardite (EMCV) et Plasmodium spp. Une circulation active de Salmonella enterica, incluant des sérovars rares, a été confirmée par isolement bactérien. Les adénovirus détectés présentent des lignées distinctes de celles observées chez l'homme, suggérant une structuration hôte-spécifique. Une diversité importante de Kinetoplastidae, majoritairement non pathogènes, a également été observée. En revanche, des signatures sérologiques (correspondant à l'identification des anticorps IgG et IgA extraits de fèces animales) dirigées contre l'Ebolavirus Zaïre (EBOV) et Treponema pallidum suggèrent des expositions antérieures ainsi qu'une circulation active de ces pathogènes dans la réserve de Mabali, en RDC.
L'approche non invasive intégrée, combinant méthodes moléculaires et sérologie fécale par Western blot capillaire automatisé, a permis de mettre en évidence des infections actives et des expositions passées, tout en offrant une caractérisation plus complète des dynamiques de circulation, incluant des phases silencieuses ou intermittentes. Les résultats suggèrent que les primates non humains participent à ces dynamiques en milieu naturel, impliquant notamment des microorganismes tels que Salmonella enterica, les adénovirus et les kinetoplastidae, ainsi que des agents mis en évidence par des signatures sérologiques tels qu'Ebolavirus Zaïre (EBOV) et Treponema pallidum. Dans ce contexte, les primates non humains apparaissent principalement comme des hôtes exposés et des sentinelles écologiques. L'approche non invasive intégrée développée dans cette étude constitue un outil prometteur pour la surveillance des zoonoses dans une perspective One Health.