Soutenance de thèse de SISSOKO Sibiri

Résumé de la thèse

Ces dernières années, le microbiote du lait maternel est considéré comme un indicateur pertinent de la malnutrition sous toutes ses formes (kwashiorkor, marasme et obésité). Ces trois phénotypes partagent des liens métaboliques notamment la stéatose hépatique dont la progression est parallèle avec la consommation de sucre, lequel est connu comme source endogène d'alcool. Pour lutter contre la malnutrition, le lait maternel est l'un des composants dynamiques qui porte sa propre signature microbiotique. Une perturbation du microbiote en son sein pourrait être la première étape du rôle instrumental de l'altération du microbiote intestinal dans la survenue de la malnutrition. Puisque le microbiote intestinal de l'enfant sous allaitement est le reflet de celui du lait maternel, et que les enfants en bonne santé et ceux souffrant de la malnutrition ont des microbiotes intestinaux différents, cela suggère que cette différence pourrait précéder l'apparition d'une malnutrition. Cette différence a été largement décrite pour les bactéries, toutefois, la composante fongique a été plus souvent ignorée. En appliquant le séquençage sur des séquences des régions de l'ARNrl des espaceurs internes transcrits 1 et 2 (ITS1 et ITS2) sur le lait maternel de 27 femmes en bonne santé, dont 9 allaitant des enfants avec MAS (M-SAM) et 18 allaitant des enfants en bonne santé (M-CTL), nous avons généré 1 014 727 reads en ITS1 et 1 096 073 en ITS2. La plupart des fungi qui colonisaient le lait des M-SAM appartiennent à l'embranchement des Basidiomycetes tandis que le phylum des Ascomycetes prédomine le lait des M-CTL. Nous avons observé une abondance accrue du genre Naganishia (57,93%) suivi de Lodderomyces (29,64%) au sein du microbiote du lait maternel destiné aux MAS ; contrairement au lait des M-CTL très riche en Candida (38,29%). Bien que des différences aient été observées entre deux ces groupes, un noyau formé par Candida, Naganishia (Cryptococcus), Cladosporium et Malassezia était commun au lait maternel des femmes Maliennes. Par ailleurs, en évaluant les paramètres physico-chimiques de cet écosystème, nous avons trouvé une salinité légèrement augmentée et une concentration d'éthanol significative dans un échantillon de l'ait maternel destiné à un MAS, faisant suspecter un syndrome de fermentation mammaire et trois autres échantillons étaient de coloration rose. Ceci a conduit à une exploration par culture microbienne, au cours de laquelle nous avons isolé des espèces associées à cette coloration ; et aussi des espèces impliquées dans la production endogène d'alcool notamment K. pneumoniae, C. albicans. Il est connu que la malnutrition (kwashiorkor-obésité) et la présence d'éthanol endogène partagent des liens métaboliques, notamment la stéatose hépatique et la fermentation des sucres intestinaux, compte tenu de cela, nous avons testé des échantillons des produits sucrés pour déterminer l'existence d'une éventuelle association entre la structure des oligosaccharides des Coca-Cola et la production d'alcool in vitro. Dans cette étude exploratoire, le sucre dans les Coca-Cola d'origine américaine composé d'oligosaccharides diffère de celui des Coca-Cola réalisé en Afrique ou en Europe. Cette différence a été corrélée à des productions d'alcool spectaculairement différentes ; correspondant à boire de la bière titrée à 6% pour le Coca-cola américain en co-culture avec C. albicans. Dans une perspective plus globale, nous avons aussi étudié des échantillons des produits lactés fermentés (PLFs), industriel et traditionnel du Mali et de la France, compte tenu de leurs effets bénéfiques nutritionnels. Certains produits fermentés, confirment un lien entre les levures spécifiques et les bactéries lactiques dans les PLFs et leur teneur en alcool. Cela justifie la mise en œuvre d'une règlementation concernant la teneur en alcool pour la consommation régulière des PLFs car cela pourrait induire une stéatose hépatique ou l'aggraver chez les enfants avec SAM.