Soutenance de thèse de MAALOUF Elissa
Titre de thèse
Analyse comparative de stratégies de prévention pour le contrôle des infections nosocomiales et développement de techniques moléculaires universelles de traçabilité en temps réel: application au aux clusters d'infections hospitalières.
Comparative analysis of prevention strategies for the control of nosocomial infections and development of universal molecular techniques for real-time traceability: application to hospital infection clusters.
Résumé de la thèse
Cette thèse s'est concentrée sur deux projets principaux:
Le premier avait pour objectif le développement d'une preuve de concept pour une méthode de typage des souches bactériennes basée sur le Typage par Clivage d'Hétéroduplex d'ADN par l'enzyme Endonucléase (ENUHCT). Cette méthode a été testée sur Bacillus cereus et Staphylococcus haemolyticus et a permis une discrimination rapide entre les isolats de chaque espèce. En clivant les hétéroduplexes d'ADN formés à partir d'amplicons dérivés du MLST, cette méthode pouvait identifier des souches apparentées et distinctes sans nécessiter de séquençage préalable de l'ADN ni de données de référence.
Le deuxième projet, appelé NOSOTYPING, visait à établir un pipeline de typage rapide pour le dépistage de première ligne des isolats bactériens et fongiques lors d'épidémies d'infections nosocomiales. Nous avons analysé rétrospectivement des cas impliquant B. cereus et des Staphylocoques à Coagulase Négative dans les unités de réanimation néonatale sur différents sites hospitaliers à Marseille, ainsi que des infections du site opératoire liées à Staphylococcus aureus sensible à la méthicilline (MSSA) en chirurgie orthopédique. Le pipeline reposait sur le typage des isolats cliniques et environnementaux en utilisant le typage multilocus conventionnel (MLST), le typage du génome central (cgMLST), le séquençage du génome complet et l'analyse des polymorphismes nucléotidiques simples afin d'identifier les sources potentielles de contamination (cliniques et environnementales).
Cette approche de dépistage a été développée pour être utilisée par l'équipe d'hygiène hospitalière, dans le but de soutenir à la fois la traçabilité à court terme des épidémies et la surveillance à long terme des infections nosocomiales.
Mots-clés : Infections nosocomiales, Néonatologie, Bacillus cereus, Typage moléculaire de première ligne, Staphylocoques, Investigation d'épidémie.
Thesis resume
This thesis focused on two main projects:
The first was the development of a proof-of-concept for a bacterial strain typing method based on the Enzyme Mismatch Cleavage Assay, called Endonuclease Heteroduplex Cleavage Typing (ENUHCT). This method was tested on Bacillus cereus and Staphylococcus haemolyticus and enabled rapid discrimination between isolates. By cleaving DNA heteroduplexes formed from MLST-derived amplicons, ENUHCT could identify related and distinct strains without the need for prior DNA sequencing or reference data.
The second project, called NOSOTYPING, aimed to establish a rapid typing pipeline for first-line screening of bacterial and fungal isolates during outbreaks of hospital-acquired infections. We retrospectively analyzed cases involving B. cereus and Coagulase-Negative Staphylococci in neonatal intensive care units (NICU) across different hospital sites in Marseille, as well as surgical site infections related to methicillin-sensitive Staphylococcus aureus (MSSA) in orthopaedic surgery. The pipeline relied on typing clinical and environmental isolates using core-genome multilocus sequence typing (cgMLST), whole-genome sequencing, and single nucleotide polymorphism analysis to identify potential clinical and environmental sources of contamination.
This screening approach was developed for use by the Hospital Hygiene team, with the goal of supporting both short-term outbreak tracing and long-term surveillance of nosocomial infections.
Keywords: Nosocomial Infections, Neonatology, Bacillus cereus, First-Line Molecular Typing, Staphylococci, Outbreak Investigation.