Monsieur Guillaume CHARBONNIER / PhD

chercheur en entreprise, R&D du secteur privé*expertise, études et conseils dans des organisations, cabinets ou sociétés fournissant des prestations intellectuelles, des expertises scientifiques, prospectives ou stratégiques*Analyse de données biologiques à haut débit

Contact details

Jobs

Availability : 11 2019

Additional information : Nouvelles technologies, Logiciels libres

Mobility : Europe

Research : OUI

Skills

Méthodes Agiles de gestion de projet.

Techniques

Programmation : Bash, R, Python Développement web : HTML5, CSS3, Javascript, Django Bioinformatique : Analyse de données de séquençage à haut débit (ChIP-Seq, RNA-Seq, ATAC-Seq, MNase-Seq, WGBS) Chémoinformatique : Modélisation et dynamique moléculaire, Drug Design

PhD

Title : Biologie-Santé - Spécialité Bioinformatique et Génomique

First registration date : 30 November 2015 / 4A

Doctoral school : Sciences de la Vie et de la Santé

Thesis defense date : 4 October 2019

Subject : Décryptage de dynamiques épigénomiques au cours de la thymopoïèse et de la spermatogénèse en appliquant une méthodologie de recherche reproductible à des données de séquençage à haut débit.

Thesis supervisor : SPICUGLIA Salvatore

Thesis co-supervisor : PUTHIER Denis

Research unit : TAGC - Theories and Approaches of Genomic Complexity

Master's degree

Title : Ingénieur en Génie Biologique

October 2014 - Polytech Marseille

Publications

  • Genome-wide characterization of mammalian promoters with distal enhancer functions.
    Nature Genetics, 2017
    Lan T M Dao, Ariel O Galindo-Albarrán, Jaime A Castro-Mondragon, Charlotte Andrieu-Soler, Alejandra Medina-Rivera, Charbel Souaid, Guillaume Charbonnier, Aurélien Griffon, Laurent Vanhille, Tharshana Stephen, Jaafar Alomairi, David Martin, Magali Torres, Nicolas Fernandez, Eric Soler, Jacques van Helden, Denis Puthier & Salvatore Spicuglia
    https://www.nature.com/ng/journal/v49/n7/abs/ng.3884.html
  • Explore, edit and leverage genomic annotations using Python GTF toolkit
    Bioinformatics, 2019
    Fabrice Lopez, Guillaume Charbonnier, Yasmina Kermezli, Mohamed Belhocine, Quentin Ferré, N Zweig, M. Aribi, Aitor Gonzalez, Salvatore Spicuglia, Denis Puthier
    https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02078147/document
  • Nut Directs p300-Dependent, Genome-Wide H4 Hyperacetylation in Male Germ Cells
    Cell Reports, 2018
    Hitoshi Shiota, Sophie Barral, Thierry Buchou, Minjia Tan, Yohann Couté, Guillaume Charbonnier, Nicolas Reynoird, Fayçal Boussouar, Matthieu Gérard, Mingrui Zhu, Lisa Bargier, Denis Puthier, Florent Chuffart, Ekaterina Bourova-Flin, Sarah Picaud, Panagis Filippakopoulos, Afsaneh Goudarzi, Ziad Ibrahim, Daniel Panne, Sophie Rousseaux, Yingming Zhao, Saadi Khochbin
    https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01887337/document
  • Histone Variant H2A.L.2 Guides Transition Protein-Dependent Protamine Assembly in Male Germ Cells
    Molecular Cell, 2017
    Sophie Barral, Yuichi Morozumi, Hiroki Tanaka, Emilie Montellier, Jérôme Govin, Maud de Dieuleveult, Guillaume Charbonnier, Yohann Coute, Denis Puthier, Thierry Buchou, Fayçal Boussouar, Takashi Urahama, François Fenaille, Sandrine Curtet, Patrick Héry, Nicolas Fernandez-Nunez, Hitoshi Shiota, Matthieu Gérard, Sophie Rousseaux, Hitoshi Kurumizaka, Saadi Khochbin

  • Dynamic Competing Histone H4 K5K8 Acetylation and Butyrylation Are Hallmarks of Highly Active Gene Promoters.
    Molecular Cell, 2016
    Afsaneh Goudarzi, Di Zhang, He Huang, Sophie Barral, Oh Kwang Kwon, Shankang Qi, Zhanyun Tang, Thierry Buchou, Anne-Laure Vitte, Tieming He, Zhongyi Cheng, Emilie Montellier, Jonathan Gaucher, Sandrine Curtet, Alexandra Debernardi, Guillaume Charbonnier, Denis Puthier, Carlo Petosa, Daniel Panne, Sophie Rousseaux, Robert G Roeder, Yingming Zhao, Saadi Khochbin

  • OLOGRAM: Modeling the distribution of overlap length between region sets
    Bioinformatics, 2019
    Ferré, Q., Charbonnier, G., Sadouni, N., Lopez, F., Spicuglia, S., Capponi, C., Ghattas, B., Puthier, D.

  • H3K4 methylation at enhancers and broad promoters
    Molecular Cell, 2019
    Pekowska, A., Charbonnier, G., Andrau, J.-C., Spicuglia, S.

  • Epigenomic dynamics of human T-cell precursors reveal TCRA enhancer silencing by HOXA
    Molecular Cell, 2019
    Cieslak, A., Charbonnier, G., Tesio, M., Mathieu, E.-L., Belhocine, M., Touzart, A., Andrieu, G., Martens, J., Janssen-Megens, E., Gut, M., Gut, I., Puthier, D., Macintyre, E., Stunnenberg, H., Spicuglia, S., Asnafi, V.

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