Ecole Doctorale

Sciences de la Vie et de la Santé

Spécialité

Biologie-Santé - Spécialité Maladies Infectieuses

Etablissement

Aix-Marseille Université

Mots Clés

Grands virus à ADN nucléocytoplasmique,Phytophtora parasitica INRA 310,L'endogénéisation,

Keywords

Nucleo-cytoplasmic Large DNA Viruses,Phytophthora parasitica INRA 310,Endogenization,

Titre de thèse

Etude des relations entre les virus géants de ‘NCLDV’ grands virus nucléocytoplasmiques et Phytophthora parasitica INRA 310
Study of the relationships between Nucleocytoplasmic Large DNA viruses and Phytophthora parasitica INRA 310

Date

Mercredi 3 Mai 2023 à 10:00

Adresse

Institut Méditerranée Infection à Marseille. Adresse. IHU – Méditerranée Infection 19-21 Boulevard Jean Moulin 13005 Marseille. salle 8

Jury

CoDirecteur de these Mme Sarah AHERFI IHU – Méditerranée Infection - Marseille
Président Mme Laurence CAMOIN PU-PH, AMU
Rapporteur Mme Sylvie PILLET MCU-PH, Université Jean Monnet Saint-Etienne
Rapporteur M. raymond RUIMY PU-PH, Université de Nice

Résumé de la thèse

La découverte de virus géants (GV) a bouleversé notre compréhension du monde des virus, et même redéfini le concept de virus. Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV), leader des virus géants d’amibes a été découvert en 2003. Dans la première partie de cette thèse, nous avons réalisé une revue de la littérature scientifique sur les NCLDVs identifiés dans la famille des Asfarviridae, le premier et seul représentant pendant longtemps est le virus de la peste porcine africaine (ASFV) qui provoque une fièvre hémorragique chez les porcs. les Faustovirus, Kaumoebavirus et Pacmanvirus, qui se trouvent notamment chez les amibes protozoaires pour la reproduction et la réplication. Une analyse menée il y a quelques années qui a révélé la présence de séquences GV dans le génome de l'oomycète phytopathogène Phytophthora parasitica. Au-delà, dans une deuxième partie, nous avons étudié pour la première fois l'endogénéisation d'un virus géant chez un oomycète de notre souche de P. parasitica INRA 310 avec l’identification des traces d'expression d'au moins deux gènes d'origine virale, et nous apportons ici la preuve que l'invasion de cette classe d'agents pathogènes majeurs des plantes par un membre de la famille des Asfarviridae était un événement ancien. Afin d'élargir nos connaissances sur P.parasitica INRA 310, nous avons exploré dans la troisième partie le protéome mycélien de cet oomycète qui a été cultivé dans des conditions optimales, en utilisant la technique de chromatographie liquide-MS/MS, ce qui n'a jamais été fait jusqu'à présent. Dans la présente étude, les analyses protéomiques ont été intégrées pour obtenir un ensemble de données sur les protéines de P.parasitica INRA 310, mais il est suggéré qu'il y a encore des enquêtes sur le contenu de la souche qui pourraient conduire à des détails dans les années à venir. Mots clés : Grands virus à ADN nucléo-cytoplasmique (NCLDVs), Phytophthora parasitica INRA 310, l’endogénéisation.

Thesis resume

The discovery of giant viruses (GVs) has changed our understanding of the world of viruses, and has even redefined the concept of viruses. Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV), the leader of the giant viruses of amoebae was discovered in 2003. In the first part of this thesis, we conducted a review of the scientific literature on NCLDVs identified in the family Asfarviridae, whose first and only representative for a long time is the African swine fever virus (ASFV) which causes hemorrhagic fever in pigs. Faustoviruses, Kaumoebaviruses and Pacmanviruses, which are notably found in protozoan amoebae to reproduce and replicate. An analysis conducted a few years ago revealed the presence of GV sequences in the genome of the plant pathogenic oomycete Phytophthora parasitica. Beyond that, in a second part, we studied for the first time the endogenization of a giant virus in an oomycete of our strain P. parasitica INRA 310 with the identification of expression traces of at least two genes of viral origin, and we provide here the evidence that the invasion of this class of major phytopathogens by a member of the family Asfarviridae is an ancient event. In order to expand our knowledge of P.parasitica INRA 310, we explored in the third part the mycelial proteome of this oomycete that was grown under optimal conditions, using the liquid chromatography-MS/MS technique, which has never been done until now. In the present study, proteomic analyses were integrated to obtain a data set on the proteins of P.parasitica INRA 310, but it is suggested that there are still investigations on the content of the strain that could lead to details in the coming years. Keywords: Nucleo-cytoplasmic Large DNA Viruses (NCLDVs), Phytophthora parasitica INRA 310, endogenization.