Ecole Doctorale

Sciences de l'Environnement

Spécialité

Sciences de l'environnement: Océanographie

Etablissement

Aix-Marseille Université

Mots Clés

bioindicateur,mangrove,ecologie microbienne,,

Keywords

mangrove,bioindicator,microbial compartment,,

Titre de thèse

Indicateurs microbiens de l'état fonctionnel de mangroves en outre mer : application à la directive cadre sur l'eau
Microbial indicators of the functional status of mangroves in the french overseas territories: application to the Water Framework Directive

Date

Mercredi 14 Décembre 2022 à 14:30

Adresse

Bât. Méditerranée, Campus de Luminy-Océanomed, 13009 Marseille Amphithéatre Océanomed

Jury

Directeur de these M. Philippe CUNY Aix-Marseille Université
Rapporteur Mme Cristiana CRAVO-LAUREAU Université de Pau et des pays de l'Adour
Rapporteur M. Pierre-Alain MARON INRAE
Examinateur Mme Claire GOLLéTY CUFR-MAYOTTE
Examinateur Mme Valérie MICHOTEY Aix-Marseille Université
CoDirecteur de these Mme Cécile MILITON Aix-Marseille Université

Résumé de la thèse

Les mangroves sont des écosystèmes forestiers situés à l’interface entre terre et mer. De par leur localisation, ces forêts maritimes sont soumises aux variations de qualité des eaux côtières en relation avec les pressions liées aux activités humaines à proximité. Présentes dans la zone intertidale de dix territoires ultramarins, les mangroves et les organismes qui y vivent constituent donc des composantes intéressantes pour témoigner de la qualité des masses d’eau dans le cadre de la mise en place de la Directive européenne Cadre sur l’Eau (DCE) en Outremer. Dans le but de valider la pertinence de l’utilisation de ces forêts comme écosystème sentinelle, le projet « DCE mangroves » a investigué au sein d’un gradient d’anthropisation différents compartiments biologiques de mangroves afin d’améliorer la connaissance de sa biodiversité et de son fonctionnement. Ainsi, ce travail de thèse a eu pour objectif de caractériser les communautés bactériennes et archéennes benthiques (biomasse moléculaire, abondance, diversité et composition) de mangroves afin (i) d’enrichir nos connaissances sur ces organismes clés pour cet écosystème, (ii) de comprendre quels sont les paramètres qui façonnent la structure de ces communautés et (iii) de proposer des bioindicateurs potentiels des pressions anthropiques identifiées dans les mangroves ultra-marines étudiées. Les résultats obtenus ont permis (i) d’identifier les approches moléculaires adéquates pour la description des microbiotes benthiques en mangrove, (ii) de caractériser finement des pressions anthropiques dans plusieurs stations de mangroves en Guyane et Martinique, (iii) de compléter le référentiel sur la biodiversité taxonomiques des microbiotes des mangroves françaises et (iv) d’identifier des taxons microbiens candidats pour être des bioindicateurs de la dégradation de l’écosystème mangrove. Les résultats obtenus sur le compartiment microbien des mangroves françaises constituent un socle pour la construction d’un indicateur utilisable pour déterminer la qualité des eaux côtières et de transition dans les outre-mer françaises.

Thesis resume

Mangrove forests are emblematic ecosystems of the intertidal zone of tropical and subtropical zones. Growing between land and sea, these forests testify of the quality of the coastal waters and of the anthropic pressures in the littoral zone. Mangroves could therefore constitute a useful biological quality element to be used in the EU Water Framework Directive. To assess the use of mangroves for monitoring the water bodies in French overseas territories where they cover over 87 795,82 ha, a specific project, the “DCE mangrove project”, was created and funded by the French Biodiversity Agency. This project offered the opportunity to study the response and the functioning of French mangroves subjected to different types and levels of anthropic pressures. The global aims of this PhD were to characterize the French mangroves benthic bacterial and archaeal communities (molecular biomass, abundance, diversity and composition) in order (i) to improve our knowledge of these key organisms in mangroves functioning, (ii) to determine the drivers of mangrove microbiota, (iii) to identify several potential bioindicators of main anthropic pressures applied on mangrove forests. The results obtained to date have allowed (i) to select an appropriate molecular method to describe the benthic mangrove microbiota, (ii) to produce a detailed characterization of the anthropic pressures in several mangrove sites in French Guiana and Martinique island (West Indies), (iii) to start to build the microbial diversity reference system in French mangrove sediments and (iv) to identify potential microbial bioindicators of mangrove health. This work is a contribution to the establishment of a mangrove ecological indicator of the coastal and transitional water bodies qualities of the French oversea territories.