Soutenance de thèse de Rim ABDALLAH

La résistance aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique qui touche la médecine humaine, vétérinaire et l’écologie environnementale. Le concept de « One Health » (ou « une seule santé ») consiste à étudier les liens qui existent entre ces écosystèmes et l’émergence et la diffusion des maladies infectieuses, dont la résistance aux antibiotiques. Ainsi, les liens entre l’utilisation des antibiotiques chez l’homme et dans les élevages, et l’émergence de la résistance aux antibiotiques ont déjà été documentés. En revanche, le rôle de l’environnement dans la dissémination de la résistance aux antibiotiques est plus complexe. Celui-ci peut être contaminé à partir des activités humaines et servir de réservoirs de gènes/bactéries résistantes. Mais l’environnement naturel est également une source de microorganismes producteurs de molécules antimicrobiennes. Ces microorganismes, ou ceux qui survivent dans le même environnement, sont capables de résister à ces antimicrobiens par divers mécanismes de résistance. Certains mécanismes peuvent ensuite être transmis à des bactéries pathogènes pour l’homme, permettant ainsi l’émergence de nouvelles résistances. La persistance, la mobilisation et la dissémination de ces gènes peuvent être influencés par des facteurs (température, humidité, antimicrobiens, métaux lourds…) qui sont encore mal connus. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés à la diffusion de la résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries isolées de prélèvements humains, animaux et/ou environnementaux prélevés dans deux écosystèmes de la zone tropicale en Asie et en Afrique. Les objectifs de cette thèse ont été divisés en trois parties : i) établir un état des lieux des facteurs influençant directement ou indirectement la transmission de la résistance aux antibiotiques, en se focalisant sur la zone tropicale ; ii) comprendre la dynamique de la transmission de la résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries isolées des prélèvements d’animaux et de l’environnement collectés dans des réserves naturelles d'Afrique (République démocratique du Congo et Sénégal) ; iii) comprendre la dynamique de la transmission de la résistance aux antibiotiques dans les fermes de petites et moyennes tailles entre les animaux d’élevage et les travailleurs en Thaïlande.

Antibiotic resistance is a major public health problem that affects human and veterinary medicine and environmental ecology. The concept of "One Health" points on studying the links between these ecosystems and the emergence and spread of infectious diseases, including antibiotic resistance. Thus, the links between the use of antibiotics in humans and livestock, and the emergence of antibiotic resistance have already been documented. However, the role of the environment in the dissemination of antibiotic resistance is more complex. The environment can be contaminated by human activities and serves as a reservoir of resistant genes/bacteria. However, the natural environment is also a source of microorganisms that produce antimicrobial molecules. These microorganisms, or those that survive in the same environment, can resist these antimicrobials through various resistance mechanisms. Some of these mechanisms can then be transmitted to bacteria that are pathogenic to humans, allowing the emergence of new resistances. Persistence, mobilization and dissemination of these genes can be influenced by factors (temperature, humidity, antimicrobials, heavy metals...) that are still poorly understood. In this work, we were interested in the dissemination of antibiotic resistance in enterobacteria isolated from human, animal and/or environmental samples collected in two ecosystems of the tropical zone in Asia and Africa. The objectives of this thesis were divided into three parts: (i) to establish an overview of the factors influencing directly or indirectly the transmission of antibiotic resistance, focusing on the tropical zone; (ii) to understand the dynamics of antibiotic resistance transmission in enterobacteria isolated from animal and environmental samples collected from nature reserves in Africa (Democratic Republic of Congo and Senegal); and (iii) to understand the dynamics of antibiotic resistance transmission in small and medium-sized farms between livestock and workers in Thailand.