Soutenance de thèse de ABDOURAHIM ABDILLAH

Malassezia est un genre de levures lipodépendantes connu comme étant commensal de la peau humaine. Cependant, sous certaines conditions, ces levures deviennent pathogènes et causent des infections cutanées incluant la dermatite séborrhéique qui est particulièrement fréquente chez les patients infectés par le Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH). Les facteurs de la survenue de la dermatite séborrhéique chez ces patients sont mal compris. De plus, ces levures sont relativement méconnues, principalement du fait de la difficulté de les cultiver. L’avènement récent des nouvelles technologies de séquençage a généré un nombre croissant d’études qui ont détecté les levures Malassezia dans différents sites du corps humain, hors de la peau, incluant le tube digestif, où elles sont trouvées être abondantes chez les patients infectés par le VIH. La détection de Malassezia dans le tube digestif pose de nombreuses interrogations quant à la viabilité des levures détectées et ainsi que leur rôle pathogène possible. L’objectif de cette étude a été de caractériser les levures Malassezia dans la peau et le tube digestif des patients infectés par le VIH. Nous avons comparé 3 méthodes prélèvements cutanés (compresse stérile, écouvillons sec et Transwab) et 2 milieux de culture (Dixon et FastFung) pour l’isolement de Malassezia. Ensuite, nous avons mené une étude de cohorte sur des prélèvements de selles et de peau de 10 volontaires « sains » et 23 volontaires vivant avec le VIH, dont 10 étaient immunodéprimés. Nous avons fait une analyse par métagénomique ITS et 16S et culture sur les échantillons cutanés et de selles. Nous avons testé la viabilité de Malassezia dans les selles en réalisant une PCR avec ou sans propidium monoazide (PMA). Nous avons montré que la compresse est la meilleure méthode de prélèvement et que le milieu FastFung est efficace pour l’isolement de Malassezia. Nous avons trouvé par culture que la peau des patients infectés par le VIH est hautement colonisée par les Malassezia, et ce de manière stable. Nous avons isolé M. furfur en abondance des selles d’un patient infecté par le VIH et immunodéprimé ; et 1 colonie de M. furfur et de M. globosa étaient isolées chacune chez un volontaire sain différent. La PCR Malassezia était positive dans les selles de 3 patients immunodéprimés. Pour 2 de ces patients le résultat de la PCR-PMA était en défaveur la présence de Malassezia vivants. Cependant, nous avons isolé M. furfur en culture chez l’un d’entre eux. Pour le 3ème patient, la PCR-PMA était en faveur de la présence de Malassezia vivante ; malgré une culture négative. Les analyses de métagénomique sont en cours et vont nous apporter des résultats complémentaires. En conclusion, les patients infectés par le VIH sont hautement colonisés par Malassezia dans la peau ; et l’immunodépression liée au VIH semble favoriser la présence de Malassezia dans le tube digestif.

Malassezia is a genus of lipid-dependent yeasts known to be commensal to human skin. However, under certain conditions, they can become pathogenic by causing skin infections including seborrheic dermatitis which is more common in patients infected with the Human Immunodeficiency Virus (HIV). The factors for the occurrence of seborrheic dermatitis in these patients are poorly understood. In addition, the difficulty of cultivating them has long created a gap in our knowledge of these yeasts. The recent arrival of new sequencing technologies has generated an increasing number of studies that have detected Malassezia yeasts in various human body sites, outside the skin, including the gut, where they are found to be abundant in patients living with HIV. The detection of Malassezia in the gut raises many questions about the viability of the detected yeasts and their possible pathogenic role. The objective of this study was to characterize Malassezia yeasts in the skin and gut of HIV-infected patients. We compared 3 skin sampling methods (sterile gauze, dry swabs and Transwab) and 2 culture media (Dixon and FastFung) for the isolation of Malassezia. Then, we conducted a cohort study on 10 healthy volunteers and 23 patients living with HIV, including 10 immunocompromised patients, by performing skin sampling and stool collection. ITS and 16S metagenomic analysis and culture were performed on the skin and stool samples. Viability propidium monoazide (PMA)-PCR was performed on the stool to assess Malassezia viability. We found that the gauze is the best method and that the FastFung medium is effective for the isolation of Malassezia. We found by culture that Malassezia skin colonization is relatively high and stable over time in HIV-infected patients. We isolated abundant M. furfur colonies from one immunocompromised patient stool, and one colony of M. furfur and M. globosa, each from a distinct healthy volunteer stool. Malassezia PCR was positive in 3 immunocompromised patients stool samples. In two of them, the viability PMA-PCR result was in favor of non-living Malassezia yeast; nonetheless, M. furfur was cultured from one of these stool samples. In the third patient’s stool sample, viability PMA-PCR result indicated the presence of living Malassezia yeast, although the culture remained negative. Further metagenomic analyses are in progress and will provide additional results. In conclusion, HIV-infected patients are highly colonized by Malassezia in the skin. HIV-related immunosuppression seems to play a role in the presence of Malassezia in the digestive tract.