Ecole Doctorale

Sciences de la Vie et de la Santé

Spécialité

Biologie-Santé - Spécialité Maladies Infectieuses

Etablissement

Aix-Marseille Université

Mots Clés

Infections respiratoires,épidémiologie,Voyage,infections digestives,SARS-CoV-2,

Keywords

Respiratory infections,epidemiology,Travel,digestive infections,SARS-CoV-2,

Titre de thèse

épidémiologie des infections respiratoires (et autres infections) associées aux voyages internationnaux
epidemiology of respiratory infections (and other infections) associated with international travel

Date

Jeudi 1 Juillet 2021

Adresse

IHU Méditerranée Infection, 19-21 Boulevard Jean Moulin, 13005 Marseille Amphithéâtre

Jury

Directeur de these M. Philippe GAUTRET IHU Méditerranée Infection
Rapporteur M. Emmanuel BOTTIEAU Institut de Médecine Tropicale
Rapporteur M. Michel CARLE Service d'Infectiologie
Examinateur Mme Florence FENOLLAR IHU Méditerranée Infection
CoDirecteur de these M. Pierre MARTY Service de Parasitologie-Mycologie, CHU de Nice
Examinateur M. Matthieu MILLION IHU Méditerranée Infection

Résumé de la thèse

Les étudiants en médecine sont à risque d’acquisition d'agents pathogènes associés aux voyages, y compris de bactéries multi-résistantes durant leurs stages à l’étranger. Nous réalisons ce travail avec trois principaux objectifs : 1/ étudier la prévalence des symptômes cliniques évocateurs de maladies infectieuses et documenter l'acquisition du portage de pathogènes. 2/ étudier l'acquisition de bactéries multi-résistantes et/ou de gènes de résistance. 3/ identifier les facteurs de risque pour les symptômes et l’acquisition des pathogènes les plus fréquents et pour l’acquisition de bactéries multi-résistantes et de gènes de résistance. Il s’agit d’une enquête de cohorte prospective mono-centrique menée pendant trois ans (2017-2019) auprès d'étudiants en médecine de la Faculté de Médecine de Marseille, partant en stage international pendant l'été. Les principaux pathogènes responsables d’infections respiratoires, digestives et vaginales ont été identifiés par PCR en temps réel. Quatre milieux de culture ont été utilisés pour isoler des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques (Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, bactéries productrices de béta-lactamases à spectre élargi (BLSE), entérocoques résistants aux glycopeptides et entérobactérie productrice de carbapénémase). Les gènes de résistance à la colistine ont été directement recherchés sur les prélèvements cliniques par séquençage. Nos résultats ont montré de fortes prévalences de symptômes gastro-intestinaux, respiratoires et vaginaux durant le voyage. Les résultats sur le portage des pathogènes digestifs ont montré que l’acquisition d’Escherichia coli était la plus fréquente. Une proportion de 29,3% des étudiants ont acquis des bactéries productrices de béta-lactamases à spectre élargi, 2,6% ont acquis une entérobactérie productrice de carbapénémase. La prévalence d’acquisition de gènes de résistance à la colistine chez les étudiants en médecine était de 6.8%. Un certain nombre de facteurs de risque ont été aussi identifiés. Les stages médicaux internationaux ont été annulés en 2020 suite au contexte sanitaire international pandémique lié à la COVID-19 nécessitant une réorientation partielle du travail de thèse. Les variants de SARS-CoV-2 confirmés par le séquençage des génomes complets chez les patients suivis à notre Institut et à l’APHM de mars 2020 à janvier 2021 ont été répertoriés. Des différences significatives d’âge, d’expression cliniques et de sévérité ont été mises en évidence en fonction des génotypes viraux prédominants au cours des différentes phases épidémiques de la maladie à Marseille. Jusqu’à présent, les éléments en faveur d’une association entre certaines mutations du SARS-CoV-2 et la gravité de la maladie sont limités. Une revue de littérature sur ce sujet a été réalisée mettant en évidence des différences de contagiosité selon les variants de SARS-CoV-2, mais l'association entre la mutation virale et la gravité de la maladie reste encore mal connue. Ces travaux ont été complétés par deux revues de la littérature. L’une a porté sur le portage prolongé (ou récurrence) de SARS-CoV-2 chez les patients hospitalisés. L’analyse de 63 articles a montré que la proportion de re-positivation de PCR chez les patients guéris de la COVID-19 variait de 2,4% à 69,2%, et persistait de 1 à 38 jours après la sortie d’hospitalisation. Actuellement, plusieurs explications pour ces re-positivations de PCR sont suggérées, y compris l’existence de faux négatifs et de faux positifs, la réactivation et la réinfection par le SRAS-CoV-2. L’autre revue de littérature a porté sur les co-infections SARS-CoV-2-virus grippaux. La méta-analyse a montré que (1) - les co-infections identifiées par sérologie grippale étaient 11 fois plus élevées que celles identifiées par PCR ; et (2) - la proportion de co-infections ne différait pas significativement selon la gravité du COVID-19.

Thesis resume

Medical students are at risk of acquiring travel-associated pathogens, including multidrug-resistant bacteria on internship abroad. We carry out this work with three main objectives: 1 / to study the prevalence of clinical symptoms suggestive of infectious diseases and to document the acquisition of the carriage of pathogens. 2 / to study the acquisition of multi-resistant bacteria and/or resistance genes. 3 / to identify risk factors for the symptoms and the acquisition of the most frequent pathogens and for the acquisition of multidrug-resistant bacteria and resistance genes. This is a single-center prospective cohort survey carried out over three years (2017-2019) among medical students from the Faculty of Medicine of Marseille, going on an international internship during the summer. The main pathogens responsible for respiratory, digestive, and vaginal infections have been identified by real-time PCR. Four culture media were used to isolate multi-antibiotic resistant bacteria (methicillin resistant Staphylococcus aureus, extended spectrum beta-lactamase-producing bacteria (ESBL), glycopeptide-resistant enterococci, and carbapenemase-producing enterobacteria). The colistin resistance genes were directly sought on clinical samples by sequencing. Our results showed high prevalence of gastrointestinal, respiratory, and vaginal symptoms during travel. The results on the carriage of digestive pathogens showed that the acquisition of Escherichia coli was the most frequent. A proportion of 29.3% of the students acquired bacteria producing broad spectrum beta-lactamases, 2.6% acquired enterobacteria producing carbapenemase. The prevalence of acquisition of colistin resistance genes in medical students was 6.8%. The international medical internships were canceled in 2020 following the pandemic international health context linked to COVID-19 requiring a partial reorientation of the thesis work. The SARS-CoV-2 variants confirmed by whole genome sequencing in patients followed at our Institute and at the APHM from March 2020 to January 2021 have been listed. Significant differences in age, clinical expression and severity were demonstrated depending on the viral genotypes predominant during the different epidemic phases of the disease in Marseille. So far, there is limited evidence for an association between certain SARS-CoV-2 mutations and disease severity. A review of the literature on this subject was carried out highlighting differences in infectivity according to SARS-CoV-2 variants, but the association between the viral mutation and the severity of the disease remains poorly understood. This work was supplemented by two reviews of the literature. One focused on prolonged carriage of SARS-CoV-2 in hospitalized patients. Analysis of 63 articles showed that the proportion of re-positive PCR in patients recovered from COVID-19 ranged from 2.4% to 69.2% and persisted from 1 to 38 days after discharge from hospital. Currently, several explanations for these re-positive PCR are suggested, including the existence of false negatives and false positives, reactivation and reinfection with SARS-CoV-2. The other review of the literature looked at SARS-CoV-2-influenza virus co-infections. The meta-analysis showed that (1) - co-infections identified by influenza serology were 11 times more frequent than those identified by PCR; and (2) - the proportion of co-infections did not differ significantly depending on the severity of COVID-19.