Le potentiel d’encadrement au sein des 12 ED d’Aix-Marseille Université (AMU) est important. Il représente plus de 2500 chercheurs et enseignants-chercheurs habilités à diriger des recherches (HDR), rattachés à l’une des 12 ED et travaillent dans l’une des 137 unités ou équipes de recherche au sein d’AMU, mais aussi hors AMU.
La thèse de doctorat est préparée dans une ED, au sein d’une unité de recherche agréée, rattachée à l’ED, sous la responsabilité scientifique d’une directrice ou d'un directeur de thèse HDR, assisté(e) le cas échéant d’une codirectrice ou d'un codirecteur HDR (une dérogation à l'HDR peut être accordée par la commission de la recherche), rattaché(e) à l’ED, qui partage cette responsabilité à 50%. La directrice ou le directeur de thèse est responsable de l’encadrement de la doctorante ou du doctorant pour la durée de la thèse.
La préparation du doctorat, au sein de l'école doctorale, s'effectue en règle générale en trois ans en équivalent temps plein consacré à la recherche. Dans les autres cas, la durée de préparation du doctorat peut être au plus de six ans. Des prolongations annuelles peuvent être accordées à titre dérogatoire par le chef d'établissement, sur proposition du directeur de thèse et après avis du comité de suivi et du directeur d'école doctorale, sur demande motivée du doctorant (Cf. article 14 de l’arrêté du 25 mai 2016 modifié).
Au moment de la première inscription en thèse, une convention individuelle de formation est signée par la doctorante ou le doctorant et sa directrice ou son directeur de thèse.
D’autre part un comité de suivi individuel de la doctorante ou du doctorant est mis en place. Son rôle est de veiller au bon déroulement de la thèse.